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公共SRAデータ統計

集計日:2016/06/10
データ件数(Run):4,141,866 件 (live:2,000,154, suppressed:1,782,547, unpublished:356,526, withdrawn:2,639, other:0)
[生物種上位500表示] [チャート表示]
上位生物種の年別統計(ランデータの件数)
No. Scientific name 2016年 2015年 2014年 2013年 2012年 2011年 2010年 2009年 2008年 2007年 2006年 2005年 OTHER
1
Homo sapiens
60,584
114,223
108,638
97,462
104,579
40,667
24,917
8,018
12,659
1,333
78
8
1
2
Mus musculus
10,521
60,703
45,203
25,157
15,758
6,564
3,346
517
296
7
3
human gut metagenome
5,280
17,232
20,026
10,265
5,086
855
388
469
119
4
4
human metagenome
789
3,635
3,392
14,995
9,597
4,125
16,654
1,336
560
5
soil metagenome
4,412
18,119
14,025
4,905
1,657
286
195
33
107
1
6
Danio rerio
3,984
15,473
4,996
3,842
5,608
406
73
18
7
Streptococcus pneumoniae
1,511
12,337
7,874
3,210
6,559
1,242
2
8
Oryza sativa
42
2,456
1,094
660
25,863
132
630
498
185
9
Plasmodium falciparum
328
1,933
17,670
5,739
3,242
425
2
14
5
10
Saccharomyces cerevisiae
3,190
7,246
6,691
9,031
1,470
735
222
104
18
11
Staphylococcus aureus
536
9,470
6,872
3,993
6,152
1,232
119
1
12
Drosophila melanogaster
586
9,562
7,470
2,294
4,381
1,787
1,168
477
238
71
13
gut metagenome
8,526
7,441
3,515
5,392
559
904
14
1
14
synthetic construct
137
21,742
723
868
499
53
18
5
15
Salmonella enterica
4,150
11,511
4,215
657
190
52
16
Escherichia coli
3,046
10,206
4,470
988
1,538
236
69
32
17
Salmonella enterica subsp. enterica
1,621
9,766
6,917
809
18
mouse gut metagenome
713
6,785
6,957
2,299
1,295
228
12
47
19
Caenorhabditis elegans
266
1,584
1,998
9,992
851
681
154
199
16
7
20
Arabidopsis thaliana
321
5,766
4,064
2,598
1,731
697
366
130
14
21
Mycobacterium tuberculosis
514
6,013
1,937
3,395
3,154
395
123
20
22
metagenome sequence
2,533
6,257
3,377
1,534
491
24
189
1
1
23
marine metagenome
576
4,654
1,926
1,508
1,105
986
327
791
9
103
31
117
76
24
human skin metagenome
1,460
3,957
4,479
1,100
310
140
94
25
Anopheles gambiae
2
1,226
2,256
4,891
1,488
768
7
4
26
rhizosphere metagenome
724
675
1,216
1,301
5,354
757
16
27
human oral metagenome
2,687
2,715
2,494
724
879
307
43
28
Neisseria meningitidis
111
3,539
3,033
1,358
975
339
1
29
Listeria monocytogenes
1,918
4,240
2,559
623
2
2
4
30
unidentified
386
3,510
2,083
285
1,185
1,110
189
35
31
Streptococcus pyogenes
124
1,272
4,780
853
822
610
32
Campylobacter sp.
772
2,354
3,714
854
1
33
Rattus norvegicus
66
943
4,932
881
522
90
109
11
89
34
Bos taurus
519
3,315
1,581
637
486
342
116
107
49
35
Klebsiella pneumoniae
1,628
2,473
1,186
824
19
284
2
1
36
Hordeum vulgare subsp. vulgare
41
923
793
367
3,848
11
7
37
Campylobacter jejuni
573
1,249
697
914
2,304
103
43
38
Zea mays
260
1,265
1,403
1,143
1,030
164
9
299
15
39
freshwater metagenome
693
2,410
1,482
715
87
24
16
23
3
6
40
(tax_id:1227552)
277
110
5,065
1
41
[Clostridium] difficile
87
551
586
2,747
942
533
6
42
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi
509
1,092
3,131
288
47
43
Saccharomyces cerevisiae S288c
2,612
827
590
611
29
1
44
(tax_id:1256227)
2,198
718
744
730
45
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
136
1,443
395
1,267
671
451
5
1
2
46
aquatic metagenome
304
1,805
1,315
652
54
210
1
47
Gasterosteus aculeatus
305
301
682
598
1,528
593
45
219
48
uncultured bacterium
301
1,775
537
193
975
190
31
10
4
49
Sus scrofa
184
831
686
640
1,201
240
39
32
50
Pseudomonas aeruginosa
222
1,209
1,436
867
10
96
4
2
51
bovine gut metagenome
44
2,807
498
299
59
15
8
9
52
unclassified Bacteria (miscellaneous)
1,071
1,977
687
53
Manihot esculenta
550
3,044
32
22
54
unclassified sequences
1
683
1,858
771
88
11
108
106
55
Macaca mulatta
26
1,475
920
638
90
204
136
54
35
56
sediment metagenome
266
1,464
1,137
353
85
95
10
1
17
57
(tax_id:1348798)
3
2,355
648
378
18
4
58
Vibrio cholerae
13
587
801
428
1,011
377
59
Neisseria gonorrhoeae
60
1,456
504
953
88
56
60
Populus trichocarpa
379
2,137
452
21
40
85
61
Acinetobacter baumannii
1,012
662
654
448
316
5
3
1
62
metagenomes
187
1,758
490
286
327
27
4
1
63
Canis lupus familiaris
15
938
729
1,090
140
117
40
5
64
human lung metagenome
250
636
1,905
149
114
65
Human immunodeficiency virus 1
139
1,161
902
187
520
1
28
96
66
Triticum aestivum
72
395
559
271
1,217
164
308
33
6
67
Oncorhynchus mykiss
66
1,390
391
609
19
293
164
4
68
Glycine max
72
752
1,259
353
140
124
51
135
69
wastewater metagenome
49
2,049
474
236
4
10
30
9
1
70
Solanum lycopersicum
232
453
867
824
94
137
117
7
71
viral metagenome
2,392
66
178
19
12
5
1
72
Shigella sonnei
321
263
634
644
512
270
73
(tax_id:1441287)
20
2,440
116
74
Brassica napus
1,215
464
232
44
165
70
317
1
2
75
food metagenome
553
783
797
296
31
15
4
76
Sorghum bicolor
43
388
33
1,897
24
70
4
77
Schizosaccharomyces pombe
37
736
644
221
668
46
80
4
1
78
Streptococcus agalactiae
1,067
686
220
17
419
79
Enterococcus faecium
40
1,165
150
947
2
80
Miscanthus sinensis
718
726
778
60
1
81
Equus caballus
329
630
869
195
131
58
13
82
(tax_id:1494075)
108
1,957
144
83
hydrocarbon metagenome
8
24
102
45
1,469
492
14
84
marine sediment metagenome
118
419
1,139
227
95
36
44
38
5
85
(tax_id:1561972)
726
1,389
86
human nasopharyngeal metagenome
1
1,223
429
441
3
87
(tax_id:1297885)
222
1,374
339
152
1
88
Gallus gallus
45
918
475
285
106
84
44
12
100
12
89
root metagenome
219
508
1,159
152
6
2
2
9
90
biofilm metagenome
87
987
257
530
19
105
23
91
Mycobacterium abscessus
33
117
638
1,020
171
92
Zaire ebolavirus
700
767
491
93
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
54
294
443
308
611
121
84
1
2
2
94
(tax_id:1202446)
847
557
157
227
26
4
95
Streptococcus suis
118
451
600
182
406
21
96
Haemonchus contortus
1,165
371
35
181
23
2
97
sponge metagenome
44
1,227
196
280
98
Salmo salar
983
508
40
132
1
99
Shigella flexneri
102
84
803
242
428
100
(tax_id:1436733)
408
1,036
202
1
No. Scientific name 2016年 2015年 2014年 2013年 2012年 2011年 2010年 2009年 2008年 2007年 2006年 2005年 OTHER