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パイプラインの実行ステータスの確認


目次


実行パイプラインのステータス確認方法


  1. パイプラインを実行した後、'Analysis Status'画面でパイプラインのステータス(実行状況)を確認することができます。
  2. 'Refresh'ボタンを押してステータスを更新します。
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    • パイプラインの現在の実行状況を確認するためには、'Analysis Status'画面の上部にある'Refresh'ボタンを押します。
    • このシステムはサーバー負荷とネットワークトラフィックを減らすために、ステータスの自動更新は行いません。
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    • パイプラインの実行から数分後、パイプラインのステータスは'Prog'になります。
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    • 「おっと!パイプラインのステータス行が消えた!確かに数時間前に実行したはずたが、どういうことだ!?」
    • どうか驚かないでください。現在の'Analysis Status'のリストは実行中のパイプラインだけが表示されています。
    • パイプラインが正常でも異常でも終了すれば、そのレコードは消えます。
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    • 'Filter by Status'の記述の右にある選択ボックスを使えば表示フィルタを変更することができます。選択ボックスから空白を選べば、実行終了したものも含めすべてのパイプラインステータスがリストに表示されます。
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    • Maserへのログイン直後に'Analysis Status'タブを開いた場合は、すべてのパイプラインがリストに表示されています。
    • このステータスリストはあなたのグループメンバーとシェアされています。ほとんどのユーザーは単独のグループなので気にする必要はありません。

パイプラインとモジュールのステータスリスト


    • #ステータス'Analysis Status'画面での見え方'Pipeline Flow View'画面での見え方'Module Flow View'画面での見え方説明
      1予期せぬ
      中断
      ImageAbort Image Image このステータスはパイプライン(またはモジュール)が何らかの問題により異常状態で実行を終了したことを意味します。
      2ユーザによる
      実行キャンセル
      Image Cancel Image Image このステータスはパイプライン(またはモジュール)がユーザーによってキャンセルされたことを意味します。
      3キャンセル準備中 Image Cancellingアイコンは上と同じアイコンは上と同じこのステータスはコントローラがパイプライン(またはモジュール)のキャンセルの準備中であることを示します。
      通常このステータスの終了までに数分かかります。
      4正常終了 Image End Image Image このステータスはパイプライン(またはモジュール)がエラーの検出なく終了したことを意味します。
      'End'ステータスで終了したパイプラインであっても時には何らかの問題により妥当でない結果を返すことがあることを留意ください。
      5実行中 Image Prog. Image Image このステータスは、パイプライン(またはモジュール)がサーバ上で実行中であるか、他のジョブの待ち状態であることを意味します。
      ほとんどのパイプラインは数時間、あるいは数日のうちに終了しますが、数週間あるいは数ヶ月の実行時間を要する非常に実行時間の長いパイプラインも存在します。
      6実行準備中 Image Waiting Image Image このステータスはコントローラがパイプライン(またはモジュール)の実行の準備中であることを示します。
      通常このステータスの終了までに数分かかります。

ステータスの変化


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    • 上の図はステータスの遷移のイメージ図です。

正常時

    • 'Waiting'ステータスは数分で終了し、'Progress'ステータスになります。
    • 実行中のステータスの実行時間は選択したパイプラインの種類、入力データのサイズ、実行サーバの混雑状況などに依ります。
    • 多くのパイプラインは数時間から数日で終わります。
    • 以下のリストのようないくつかのパイプラインは数週間から、数ヶ月かかります。
      • #パイプラインの種類
        1Trinity関連パイプライン
        4他サンプルのSNP関連パイプライン。特にGATKのHaplotypeCaller。
        2サンプル数の多いTopHat-Cufflinksパイプライン。
        3Bisulfite関連のステップ数の多いパイプライン。
        4BlastやBlat関連パイプライン
        5InterProScan関連のアノテーションパイプライン
    • もし実行時間が異常に長い場合は、ご連絡ください。

異常時

    • 予期せぬ中断(Abort)でパイプラインが終了することが時々あります。
    • 稀に'End'ステータスで終了したパイプラインが妥当な結果を返さなかったり、妥当でないデータを返す場合があります。
    • 多くの場合、プログラムは実行ログに警告メッセージやエラーメッセージを出力しています。
    • もしなんらかの問題に遭遇した場合は、 トラブルシューティングを参照ください。

キャンセル時

    • パイプラインの実行をキャンセル(途中停止)したい場合パイプラインキャンセル方法を参照ください。
    • キャンセルされたパイプランは何も出力をしません。
    • パイプラインがいくつかのステップのモジュールで構成されており、そのいくつかが正常終了している場合、これらのモジュールは通常中間結果を出力します。
    • この中間結果はその後の解析に使用することも可能です。

モジュールレベルのステータス


    • いくつかのパイプラインは複数のモジュールで構成されます。
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      • この例の"BWA and GATK + GE (human (hg37d5) only, PE)"は10ステップのモジュールで構成されています。
      • このように長いパイプラインは実行時間も長いので、パイプラインがどの程度進行しているかを確認したい場合も多いでしょう。
      • こちらの画面で各モジュールの進行状況を確認することができます。
    • ########################
      モジュールのステータスAnalysis Status(解析ステータス)のリスト中の見え方'Analysis Status - Progress'画面での見え方'Analysis Status - Result'画面での見え方
      状態1モジュール1実行中
      モジュール2実行待ち
      Image Image Image
      状態2モジュール1終了
      モジュール2実行中
      上記と同じ Image Image
      状態3モジュール1終了
      モジュール2終了
      Image Image Image
    • この例の、パイプライン'BWA (SE) + GE'は、'BWA (SE)'と'loadBAM2ge_db (single-end)'の2モジュールで構成されています。
    • 'Analysis Status - Progress'画面、'Analysis Status - Result'画面、および'Project Detail'画面の'Module Flow View'ではモジュールごとの進行状況が確認できます。
    • 画面による違いはこちらに記載しています。

それぞれ画面の違い


#画面名画面の例説明
1Analysis Status画面のリスト中 Image 一度に複数の解析履歴の状況を確認できます。
画面からパイプラインの中断や削除ができます。
入出力のデータの検索ができます。
この画面の開き方はこちらに記載があります。
2'Analysis Status - Progress' 画面 Image この画面では、モジュールレベルのパイプラインの進捗が表示されます。
実行条件をここで確認できます。
ここからこれらのモジュールの実行ログを開くことができます。
この画面の開き方はこちらに記載されています。
3'Analysis Status - Result'画面 Image この画面では、モジュールレベルのパイプラインの進捗が表示されます。
結果を開いたり、次のステップの解析を実行することが出来ます。
実行条件をここで確認できます。
ここからこれらのモジュールの実行ログを開くことができます。
この画面の開き方はこちらに記載されています。
4'Project - Detail'画面の
'Module Flow View'
Image この画面では、プロジェクト内の全ての履歴がモジュールレベルで表示されます。
結果を開いたり、次のステップの解析を実行することが出来ます。
実行条件をここで確認できます。
ここからこれらのモジュールの実行ログを開くことができます。
この画面の開き方はこちらに記載されています。
5'Project - Detail'画面の
'Pipeline Flow View'
Image この画面では、複数のパイプラインの実行履歴を含む、
プロジェクト内の全ての履歴がモジュールレベルで表示されます。
結果を開いたり、次のステップの解析を実行することが出来ます。
ここから実行されたパイプラインの説明ページを開けます。
この画面の開き方はこちらに記載されています。


パイプライン履歴に関する画面の開き方


    'Project - Detail'、'Pipeline Flow View'および'Module Flow View'の開き方

    • 補足:プロジェクト詳細画面(Project - Detail)、パイプラインフロー画面(Pipeline Flow View)、モジュールフロー画面(Module Flow View)
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    • 'Project'タブをクリックし、興味のあるプロジェクトのプロジェクトID(Project ID)をクリックします。
    • 'Project - Detail'画面内に'Pipeline Flow View'を見ることができます。
    • 'Module Flow View'ボタンを押せば、'Module Flow View'が表示されます。

    'Analysis Status'、'Analysis Status - Progress'および'Analysis Status - Result'の開き方

    • 補足:解析状況画面(Analysis Status)、解析状況-進捗画面(Analysis Status - Progress)、解析状況-結果画面(Analysis Status - Result)
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    • 'Analysis Status'タブをクリックすると、'Analysis Status'画面が表示されます。
    • 興味のある解析状況行のrequest IDをクリックし、'Analysis Status - Progress'画面を開きます。この画面では、このパイプラインのモジュールレベルの進行状況を確認できます。
    • 'Analysis Status - Progress'画面の右上にある'View Result'と記載されたリンクを押すと、'Analysis Status - Result'画面が表示されます。このページでは、このパイプライン実行に関する結果データ、結果レポート、結果ビューの確認ができます。