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解析条件の確認と実行ログの確認について


目次


パイプライン実行後に実行オプションを確認する


    • オプション値をモジュールフロー画面(Module Flow View)、解析状況-進捗画面(Analysis Status - Progress)と、解析状況-結果画面(Analysis Status - Result)の3画面で確認することが出来ます。
    • 3画面の開き方はこちらに記載しています。
    • オプション値の確認方法の一連の操作は、3つの画面で同じです。

もっとも単純な例

  • この例では、プロジェクトの'Module Flow View'画面での、オプション値の確認方法を記載します。
  1. 'Module Flow View'画面を開いた後、興味のあるモジュールアイコンをクリックします。
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    • モジュール詳細サブ画面が表示されます。
    • このプロジェクトでは、オプション値の異なる'FastQC (single-end)'パイプラインの解析履歴が2つと、'BWA (SE) + GE'パイプラインの解析履歴が1つ含まれています。
  2. FastQCのモジュール実行履歴で、2つの異なるオプション値の違いを見て下さい。
    • オプション条件'--nogroup'オプションありデフォルトオプション
      パイプラインの実行開始時の
      'Analysis - Option'画面
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      *
      (中略)
      *
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      *
      (中略)
      *
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      モジュール詳細サブ画面 Image Image
    • モジュール詳細サブ画面の境界線の下にあるオプション値の違いを確認して下さい。
    • FastQCバージョン値は、どちらの実行モジュールでも'FastQC-0.10.1'です。
    • 右側のサブ画面では、実行終了時刻(End Date)の値、出力データセット(Output Dataset)の値、画面下部にあるLOGアイコンがありません。これは、解析が終了していないためです。
  • この'FastQC (SE)'パイプラインは1モジュール1ツールで構成されています。
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より複雑な例

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    • パイプライン'BWA (SE) + GE'は、2モジュールと、合計5ツールから構成されています。
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      *
      (中略)
      *
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    • この階層構造はパイプラインのオプション説明にも見られます。
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    • これら2モジュールサブ画面で、そこに含まれるツールごとのオプション値を確認できます。
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    • サブ画面で多数出現するオプション'GENOME_ID'とオプション'samtools version'は、'Analysis - Option'画面ではそれぞれ1回しか出現しません。同じオプションは、パイプライン内で集約することができ、これらの集約されたオプションは'Analysis Option'画面の上部にリストされます。
    • 最初のモジュールの'BWA (SE)'の最初のツール'bwa aln (single-end)'の'Number of thread'オプションは、'Analysis - Option'画面では出現していません。これはユーザーから設定できない隠しオプションです。

実行ログの確認


    • 実行ログはモジュールフロー画面(Module Flow View)、解析状況-進捗画面(Analysis Status - Progress)と、解析状況-結果画面(Analysis Status - Result)の3画面から見ることが出来ます。
    • 3画面の開き方はこちらに記載しています。
    • 実行ログの確認方法の一連の操作は、3つの画面で同じです。

もっとも単純な例

  • この例では、プロジェクトの'Module Flow View'画面での、オプション値の確認方法を記載します。
  1. 'Module Flow View'画面を開いた後、興味のあるモジュールアイコンをクリックし、モジュール詳細サブ画面のログアイコンをクリックします。
  2. 実行ログ(Runtime Log)画面が表示されます。
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  3. 下のテーブルはそれぞれのファイルの説明です。
    • #名前の例説明
      1DP00047852.demouser01.e300902.1標準エラー出力ログ。
      2DP00047852.demouser01.e300902.1.txt多くのブラウザで直接参照できるようにするための、上記ファイルのエイリアス
      'Abort'状態でモジュールが終了した際、このファイルにエラー原因が記載されていることが良くあるので留意下さい。
      3DP00047852.demouser01.o300902.1標準出力ログ。
      4DP00047852.demouser01.o300902.1.txt多くのブラウザで直接参照できるようにするための、上記ファイルのエイリアス
      'Abort'状態でモジュールが終了した際、このファイルにエラー原因が記載されていることが良くあるので留意下さい。
      5DP00047852.demouser01.pe300902.1ユーザーには無意味です。
      6DP00047852.demouser01.pe300902.1.txtユーザーには無意味です。
      7DP00047852.demouser01.po300902.1ユーザーには無意味です。
      8DP00047852.demouser01.po300902.1.txtユーザーには無意味です。
      9evaluated.txtワンライナー形式の実行コマンドに関するログファイル。
      10evaluated_command.txt人間に読みやすい形式の実行コマンドに関するログファイル。
      11input_check入力ファイルに関するログファイル。
      12myscriptこのツール実行だけに使用するローカルなスクリプト。
      13time.log.txt実行時間に関するログファイル。
  4. DP00047852.demouser01.o300902.1.txtファイルの例
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    • このファイルの内容は完全に実行されるツールに依存します。
    • 中身が空の場合も時々あります。
  5. DP00047852.demouser01.e300902.1.txtファイルの例
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    • このファイルの内容は完全に実行されるツールに依存します。
    • 多くの場合、正常終了時はこのファイルは空になります。
  6. evaluated_command.txtファイルの例
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  7. time.log.txtファイルの例
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    • このファイルには、実際の実行開始時刻および、実行終了時刻が記載されています。
    • この開始時刻と終了時刻の間には、各ツールを起動するための、システム動作時間や、待機時間が含まれていません。

より複雑な例

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    • パイプライン'BWA (SE) + GE'は、2モジュールと、合計5ツールから構成されています。
  1. 'Module Flow View'画面を開いた後、興味のあるモジュールアイコンをクリックし、モジュール詳細サブ画面のログアイコンをクリックします。
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  2. 3つのツールから構成される(前者のモジュールの)'BWA (SE)'に関する実行ログ画面(Runtime Log)
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    • '1_C000000001'、'2_C000000002'の'3_C000000003'3ディレクトリ中に3セットのログファイルが含まれていることに注目して下さい。
    • それぞれのディレクトリは'bwa aln (single-end)'、'bwa samse (single-end)'と'samToBam/sort/indexing SAMtools with head'の3ツールに対応しています。
    • 各ログディレクトリ内のファイルの意味はこちらに記載があります。
  3. 2つのツールから構成される(後者のモジュールの)'loadBAM2ge_db (single-end)'に関する実行ログ(Runtime Log)画面
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    • '1_C000000001'と'2_C000000002'の2ディレクトリ中に2セットのログファイルが含まれていることに注目して下さい。
    • それぞれのディレクトリは'bam2ge_tsv (single-end)'と'load_gbmap_data.pl (directional/non-directional)'の2ツールに対応しています。
    • 各ログディレクトリ内のファイルの意味はこちらに記載があります。