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Maserとは?


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Maserとは?


  • Maser(Management and Analysis System for Enormous Reads)は、特にいわゆる次世代シーケンサー(NGS)から出たデータを解析するための、WEBベースの解析環境です。
  • 多くのパイプラインは、RNA-Seqや、リシーケンス解析、ChIP-Seq、Bisulfite-Seq、ゲノムアセンブリ、メタゲノム解析、CAGE解析、等に用いられる有名なアカデミックツールを使用して実装しています。
  • このシステムは以下のような目的にも使えます。
    1. 閉じた環境で有名なアカデミックツールを使った解析フローの実行を試す
    2. 解析履歴を管理する
    3. 閉じた研究グループ内で、データや解析フローを共有する
    4. データと一緒に解析フローを公開する
    5. 初心者にNGS解析の概要を解説する

Maserの主要機能概説


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  • こちらから登録した後、アップロードしたデータを使用して解析パイプラインを実行できます。
  • パイプラインの実行後、いくつかのステップの解析処理が自動的に実行されます。
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  • 解析履歴画面では、以下の操作ができます。
    1. 各データアイコンから解析結果の閲覧やダウンロードする。
    2. 結果データを使用して更に解析する。
    3. パラメータを含む実行条件を確認する。
    4. 各処理ごとに自動生成された実行されたコマンドラインを取得する。
    5. 一連の処理を別のユーザに共有したり、公開する。
  • 他のユーザが公開したフローから実行条件を学ぶこともできます。
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  • 上の図は実際の解析履歴画面を示しています。
  • この例では、以下の結果が生成されています。
    1. 私たちのゲノムブラウザ上で、マップされた生配列の閲覧
      • これにより、マッピングの局所性、方向性、ミスマッチと挿入欠損、スプライシングジャンクションをまたいだリード、既知の遺伝子や他のサンプルとの共局在性が確認できます。
    2. 比較検定結果のリスト
      • CSV形式(Excelで開ける)と動的HTML形式(フィルタ、並び替え、ダウンロード、簡易検索が可能)
      • リスト上のリンクから、ビューワや、他のアノテーションサイトに遷移することが可能です。
    3. 発現の分布や比較に関係する図
  • 他のいくつかのパイプラインも他のNGSアプリケーションについての似たような結果を生成します。
  • 詳細はこちらを参照下さい。(申し訳ありませんが、いくつかの説明ページは日本語だけです。)
  • 全ての解析メニューはこちらにリストされています。殆どのパイプラインは一つか少数の機能だけを提供することにご注意ください。
  • 具体的な操作が知りたい場合はマニュアルページを参照下さい。