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[日本語]  

プロジェクトの部分的コピーとプロジェクト間のデータ共有について


目次


プロジェクトの部分的コピーの意義


  • 解析を進めていくと、以下のようなニーズが発生する場合があります。
    • データフローが複雑になりすぎて、全体の把握に支障があるので枝刈をしたい。
    • 条件を少しだけ変えた別々のプロジェクトで前提となるデータを共有させたい。
  • これを実現するために、Maserではプロジェクトの部分的なコピーと共有を可能にしています。

新しいプロジェクトへの部分的なデータフローの複製


  • 高次解析を実施する際に、高次解析に必要な部分だけを複製して新しいプロジェクトへ移行する例の手順を示します。
    • "Project - Detail"ウインドウ上で"Module Flow View"ボタンを押し、モジュール単位での表示に切り替えます。
    • 次に"Copy/Hide Data"ボタンを押し、コピー対象のデータ(ファイル型のアイコン)とフロー(歯車のアイコン)を選択していきます。
    • 必要なデータを選択し、背景色が紺色になったら、画面左上の"Copy Data"ボタンを押します。
    • コピー先のプロジェクトIDの指定ダイアログがポップアップするので、"Select"ボタンを押します。
    • 今回は新たにコピー先のプロジェクトを作成するので、"Create New Project"ボタンを押します。
    • 作成するプロジェクトに関する情報を入力します。
    • "OK"ボタンを押すと確認画面に遷移するので"Close"ボタンを押して、プロジェクト作成処理を終えます。
    • プロジェクトの作成が成功すると、プロジェクトのリストに先ほど作成したプロジェクトが表示されるので、その行の"Select"ボタンを押します。
    • プロジェクトの選択が終わると選択画面が閉じられ、もともとプロジェクトの選択を行った画面のダイアログに選択したプロジェクトのIDが格納されます。
    • "Project ID:"に指定したプロジェクトのIDが入力されたことを確認し"Copy"ボタンを押します。
    • 選択したデータとフローだけが選ばれたプロジェクトが作成できました。

プロジェクトへの関連のないデータの追加


  • 既存のプロジェクトに、次なる解析に利用するデータを追加する手順を示します。
    • データ追加前の追加対象のプロジェクトの画面です。
    • データコピーする元のデータを選択します。
    • この場合はアノテーションデータを格納しておくプロジェクトから、解析に使用するiGenomeのgtfファイルを指定します。
    • "Project - Detail"ウインドウ上で"Module Flow View"ボタンを押し、モジュール単位での表示に切り替えます。
    • 次に"Copy/Hide Data"ボタンを押しiGenomeのgtfデータアイコンを選択後、左上の"Copy Data"ボタンを押します。
    • 画面にポップアップしたプロジェクトID指定ダイアログの"Select"ボタンを押します。
    • Project Listウインドウが開くので、追加先のプロジェクトの行の左の"Select"ボタンを押します。
    • すると、プロジェクトID指定ダイアログに指定されたプロジェクトのIDが入力された状態になります。
    • "Project ID:"に指定したプロジェクトのIDが入力されたことを確認し"Copy"ボタンを押します。
  • コピー後コピー前(参考)
    • プロジェクトにデータが追加されました。
    • この操作では内部的にはデータは複製はされません。複数のプロジェクトでデータが共有された状態になっています。

プロジェクトへの関連データの追加


  • 異なるプロジェクト上で解析していたデータをマージした一つのプロジェクトを作る例を示します。
  • この例では共通のマッピング結果のbamファイルから、複数の異なるChIP-seqピークコーラーを用いて転写因子結合領域を予測した結果をマージします。
    • 操作は上述と同一で、"Project - Detail"ウインドウ上で"Module Flow View"ボタンを押し、モジュール単位での表示に切り替えます。
    • 次に"Copy/Hide Data"ボタンを押し、コピー対象のデータ(ファイル型のアイコン)とフロー(歯車のアイコン)を選択していきます。
    • 必要なデータを選択し、背景色が紺色になったら、画面左上の"Copy Data"ボタンを押します。
    • 画面にポップアップしたプロジェクトID指定ダイアログの"Select"ボタンを押します。
    • Project Listウインドウが開くので、追加先のプロジェクトの行の左の"Select"ボタンを押します。
    • すると、プロジェクトID指定ダイアログに指定されたプロジェクトのIDが入力された状態になります。
    • "Project ID:"に指定したプロジェクトのIDが入力されたことを確認し"Copy"ボタンを押します。

  • コピー元
    -

    コピー前

    コピー後
    • プロジェクトにデータが追加されました。
    • この例ではコピー元のデータと、コピー先のデータで共通するマッピング結果ファイルは解析フロー上で共通化されています。
    • さらに別のピークコーラーの結果を追加し、さらに遺伝子アノテーションを付加した状態です。
    • このように共通して利用されるデータは画面上でシェアされます。必要に応じてプロジェクトを分けることで視認性を維持することが可能です。