Platform for Drug Discovery


Maser User Operation Manual


目次


  1. はじめに
  2. データの登録
  3. 解析の実行
  4. 解析結果の閲覧
  5. データの編集
  6. データの共有
  7. データのコピー
  8. データの削除
  9. 補足:SFTP:WinSCP/Cyberduckの利用方法

1. はじめに


    1.1. 推奨動作環境


    • CPU
      • Intel Core2Duo 以降のマルチコア CPU で、動作周波数 3GHz 以上を推奨
    • Memory
      • 2GB 以上を推奨
    • Web browser
      • Windows PC の場合: Google Chrome 20.0 以降の利用を推奨
      • Macintosh PC の場合: Safari 5.1 以降、もしくは Google Chrome 20.0 以降の利用を推奨
    • Plug-in
      • Genome Explorer において Adobe Flash Player 11 以降の利用を推奨(Adobe Flash Player 10 以降の利用は必須)

2. データの登録


    2.1. プロジェクトの作成


      (1) 画面上部メニューより [ Project ] をクリックします。 Image

      (2) [ Create New Project ] ボタンをクリックします。 Image

      (3) プロジェクトの各種情報を入力します。入力を終えたら [ OK ] ボタンをクリックします。 Image

      (4) プロジェクトが作成されました。[ Close ] ボタンをクリックします。 Image

2.2. Projectへのデータのアップロード


    2.2.1. HTTPSでのアップロード


      (1) [ Project ID ] をクリックします。 Image
      (2) [ Upload Data Here ] ボタンをクリックします。 Image
      (3) [ Upload via HTTPS ] ボタンをクリックします。 Image
      (4) アップロードするデータの名前を入力します。 Image
      (5) アップロードするデータの種別を選択します。
      【注意】ここで選択されたデータの種別に応じて実行可能な解析パイプラインの種類が変わります。
      正確に選択してください。
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      (6) アップロードするファイルを指定します。 [ 参照 ] ボタンをクリックして、お使いの端末のファイ ルを指定します。
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      (7) アップロードするファイルが指定されました。指定を終えたら [ Upload ] ボタンをクリックします。
         【補足】付加情報がある場合には、“Optional Information:”以下に各種入力します。

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      (8) データがアップロードされました。
      [ Open Project Detail window ] ボタンをクリックして完了です。 Image

    2.2.2. SFTPでのアップロード


      (1) [ Project ID ] をクリックします。 Image
      (2) [ Upload Data Here ] ボタンをクリックします。 Image
      (3) [ Upload via SFTP ] ボタンをクリックします。 Image

      (5) アップロードするデータの名前を入力します。 Image
      (6) アップロードするデータの種別を選択します。
      【注意】ここで選択されたデータの種別に応じて実行可能な解析パイプラインの種類が変わります。
      正確に選択してください。

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      (7) SFTP でアップロードしたファイルを指定します。 Image

      (8) ファイルが指定されました。指定を終えたら [ Upload ] ボタンをクリックします。
           【補足】付加情報がある場合には、“Optional Information:”以下に各種入力します。

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      (9) データがアップロードされました。 [ Open Project Detail window ] ボタンをクリックし、完了です。 Image

3. 解析の実行


    (1) [ Select All Data ] ボタンをクリックして、プロジェクトに登録したデータを全て選びます。
    【補足】個別にデータを選ぶ場合には [ Select ] ボタンをクリックします。 Image
    (2) [ Analysis ] ボタンをクリックします。
    【補足】解析対象から外したいデータがある場合は[ Unselect ] ボタンをクリックします。
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    (3) 選択したデータのデータ種別で実行可能なパイプラインが表示されます。
    [ Visualization ] カテゴリをクリックし、パイプラインを絞り込みます。
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    (4) loadBAM2ge_db(single-end) の [ Analysis ] ボタンをクリックします。
    【補足】パイプラインの詳細を確認したい場合には、[ ] アイコンをクリックします。
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    (5) [ Run ] ボタンをクリックし実行します。
    【補足】オプションを指定する場合には、[ Set option and run ] をクリックします。
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4. 解析結果の閲覧


    4.1. 結果レポートの閲覧


      (1) [ Project ID ] をクリックします。
      【補足】プロジェクトが多数ある場合は、[ Filter ] 欄でキーワードを入力し絞り込めます。
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      (2) [ HTML ] アイコンをクリックします。
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      (3) [ Report ] アイコンをクリックします。
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      (4) [ HTMLファイル ] 名をクリックします。
      【補足】NGS 解析データはファイルサイズが大きく Web ブラウザで開けない場合があります。 そのような場合では、[ CSVファイル ] の方をダウンロードしてください。 Excel で開いて結果を確認することが出来ます。

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      (5) 解析結果が表示されます。
      【補足】
      上部の [ Filter 部分 ] で、条件を指定しデータを絞り込むことが出来ます。
      下部の表において、[ 項目名 ] をクリックすると昇順/降順ソートが出来ます。
      また、下部の表にある、[ GE link ] をクリックするとゲノムブラウザでリードの貼り付きを確認 出来ます。

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4.2. 実行ログの参照


    【注意】当機能は、新インターフェイスでのみ 利用可能です。

      (1) [ Module Flow View ] ボタンをクリックします。 Image
      (2) [ Module ] を選択します。 Image
      (3) [ Log ] アイコン をクリックします。 Image

      (4) 各種ログファイル一覧が表示され、ダウンロードすることによりログを確認出来ます。

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5. データの編集


    5.1. プロジェクト 情報の編集


      (1) [ Edit ] アイコンをクリックします。 Image
      (2) プロジェクト情報を編集し、[ OK ] ボタンをクリックします。 Image

6. データの共有


    6.1. プロジェクトの共有


      (1) [ Share ] アイコンをクリックします。 Image
      (2) 共有したいグループを指定します。 Image
      (3) 共有するグループを指定したら [ OK ] ボタンをクリックし完了です。
      【補足】複数のグループを指定する場合には、[ Add share group ] ボタンをクリックし、
      同様にグループを指定します。
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7. データのコピー


    7.1. プロジェクトのコピー


      (1) [ Copy ] アイコンをクリックします。 Image
      (2) [ Copy ] ボタンをクリックします。 Image
      (3) プロジェクトがコピーされました。[ Close ] ボタンをクリックして完了です。 Image

7.2. 解析フロー(モジュールやデータ)図のコピー


    (1) [ Project ID ] をクリックします。 Image
    (2) [ Module Flow View ] ボタンをクリックします。
    【注意】解析フロー図のコピー機能は、モジュール単位でのフロービューの場合のみ利用可能です。
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    (3) [ Copy Data/Flow ] ボタンをクリックします。 Image
    (4) コピーするデータやモジュールを指定します。
    【補足】複数選択可。データやモジュールの混在も可。
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    (5) [ OK ] ボタンをクリックします。 Image
    (6) コピー先のプロジェクト ID を指定します。
    【補足】新しいプロジェクトを作成し、コピーする場合には [ Create New Project ] ボタンをクリ ックします。
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    (7) [ Copy ] ボタンをクリックし、コピーを行います。 Image

8. データの削除


    8.1. プロジェクトの削除


      (1) [ Delete ] アイコンをクリックします。 Image
      (2) [ Delete ] ボタンをクリックします。
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      (3) プロジェクトが削除されました。[ Close ] ボタンをクリックします。
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8.2. 解析フロー図の削除


    8.2.1. パイプラインの削除

      【注意】パイプライン履歴の削除を行っても、対象のパイプラインが生成したデータは削除されません。
      (1) 削除するパイプラインを選択します。 Image
      (2) [ Remove ] アイコンをクリックします。 Image
      (3) [ Remove ] ボタンをクリックします。
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      (4) 解析フロー図からパイプラインが削除されました。 Image

8.2.2. モジュール履歴の削除

    【注意】モジュール履歴の削除を行っても、対象のモジュールが生成したデータは削除されません。
    (1) [ Module Flow View ] ボタンをクリックします。 Image
    (2) 削除する[ モジュール ] を選択します。 Image
    (3) [ Remove ] アイコンをクリックします。 Image
    (4) [ Remove ] ボタンをクリックします。
    Image
    (5) 解析フロー図からモジュールが削除されました。 Image

8.2.3. データの削除


    (1) 削除する[ データ ] を選択します。 Image
    (2) [ Remove ] アイコンをクリックします。 Image
    (3) [ Remove ] ボタンをクリックします。
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    (4) 解析フロー図からデータが削除されました。 Image

9. 補足:SFTP:WinSCP/Cyberduckの利用方法


    9.1. WinSCPによるSFTPアップロード方法(Windows)


      (2) ID 連絡票を参考に以下の通り設定し、[ ログイン ] ボタンをクリックします。

      (例) ID 連絡票
      ● SFTP ダウンロード専用アカウント ID (先導研究グループ共通)
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      ※プロトコル:SFTP、ポート番号:22 を指定。

      (3) ログインしました。右側のウインドウの [ upload ] フォルダ(アップロード先)をダブルクリック し、開きます。
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      (4) アップロードするデータファイルを選択し、右側のウインドウへ ドラッグ&ドロップします。 Image
      (5) [ コピー ] ボタンをクリックします。 Image
      (6) コピー中の画面が表示され、アップロードが開始されます。 Image
      (7) アップロードが完了しました。 Image

9.2 CyberduckによるSFTPアップロード方法(Mac OS X /Windows)


      (2) [ Cyberduck ] メニューから [ 環境設定 ] を選択します。 Image
      (3) [ SFTP ] アイコンをクリックし、使用する転送方式に [ SCP(SSH による暗号化 RCP) ]を指定します。
      指定し終えたら、ウインドウを閉じます。 Image
      (4) [ 新規接続 ] アイコンをクリックします。 Image
      (5) [ SFTP (SSH による暗号化 FTP) ] を選択し、ID 連絡票を参考に以下の通り設定します。
      設定し終えたら、[ 接続 ] ボタンをクリックします。

      (例) ID 連絡票
      ● SFTP ダウンロード専用アカウント ID (先導研究グループ共通)
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      (6) [ 常に ] ボタンをクリックします。
      【補足】このメッセージは初回のみ表示され、次回からは表示されません。 Image
      (7) ログインしました。[ upload ] フォルダ(アップロード先)をクリックし、開きます。 Image
      (8) アップロードするデータファイルを選択し、ドラッグ&ドロップします。 Image
      (9) 転送画面が表示され、アップロードが始まります。 Image
      (10) アップロードが完了しました。 Image