Platform for Drug Discovery


[日本語]  

Trinity, TMAP, eXpress, clustering and GO analysis (SE)


出力ファイルの説明は Illumina用de novo RNA-seqのページ を参照してください。


    ただし、本パイプラインはIonPGMのFASTQファイル用にチューニングされています。
    また、下記のように入力ファイルの注意点は一部異なります。

Inputs


  • ファイルはシングルエンドのFASTQファイルを1~10サンプルまで入力可能です。発現量の比較解析を行わない場合には1サンプルでも動きますが、比較解析以降の結果に意味はありません。
  • FASTQファイルの合計がおよそ100GB以下であれば、経験的には当サーバで解析可能ですが、アセンブルに必要なメモリーを見積もることは難しいため、事前に判定などは行っておりません。
  • スペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。
  • FASTQについては、このページをご覧ください。