Platform for Drug Discovery


RECLU ver3.1 (RIKEN CLST)


Introduction


    RECLU(REproducible CLUStering method)パイプラインは、TSSのクラスタリング、発現変動解析、およびモチーフ探索を行います。 このパイプラインは、ParacluアルゴリズムとIDRスクリプトを使用してTSSのクラスタリングを行い、レプリケート間で重複するピークをマージし、edgeRパッケージを使用して発現変動を検出します。次にAMD、GLAM2、WeederおよびDREMEプログラムを用いて、発現変動遺伝子の近傍にあるモチーフの探索を行います。



    このパイプラインで出来ること

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    Input formatbam
    Library layoutSingle-end only
    SpeciesHuman(hg19), Mouse(mm9), Rat(rn4), Chicken(galGal3), Dog(canFam2)
    Execution time22 hour (20M reads x 8 samples)


    Results
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    Pipeline history
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Inputs


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    Case samples: Case 1-10 (select two or more)

  • Check the dataset type explanation: bam
    Multiple sorted alignment files in BAM format with the index files.
    SAM/BAM Format Specification

  • Control samples: Control 1-10 (select two or more)

  • Check the dataset type explanation: bam
    Multiple sorted alignment files in BAM format with the index files.
    SAM/BAM Format Specification


Outputs


    Clustering report

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    Expression analysis report

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    Motif discovery report

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    Up regulatedDown regulated
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Options

Comments


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References