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blastn for silva database (SE)


Introduction


    このパイプラインは、16S rDNAに限定したメタゲノム解析を行うパイプラインです。FASTQをFASTAに変換した後、blastnによってsilva SSUデータベースに相同性検索を行います。その後、出力ファイルをMEGANに入力することで、Taxonomy解析を行うことが可能です。


      注意:このパイプラインを使用する場合には、下記の論文を引用する必要があります。
      Notice: If you are using this SILVA pipeline, please cite following paper.
      Pruesse, E., C. Quast, K. Knittel, B. Fuchs, W. Ludwig, J. Peplies, and F. O. Glockner.
      SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.
      Nuc. Acids Res. 2007; Vol. 35, No. 21, p. 7188-7196
    Input formatFASTQ
    Library layoutFor single-end read only
    Execution timeAbout a few days for silva


    Results
    • Blast結果
    • MEGANによるTaxonomy解析
    Image
    サンプルごとに含まれる生物群の比較

Table of contents

Inputs


    ・入力可能なFASTQについては、このページをご覧ください。

Outputs


    実行例1
    Image

    1. FASTAファイル
    Image
    FASTQ-FASTA変換
    2. Blast結果
    Image
    blastnによる相同性検索結果

How to run this pipeline

Result explanation

    Blastの結果からTaxonomy解析などを行う手順につきましては、BlastのアウトプットをMEGANに入力するこのページをご参照ください。

Comments


Use case

  • Example1: 454のデータで、平均400 bp・10万のシングルエンドリード(DRR001367)のデータに対し、Blastによるアノテーションを行った。計算時間はsilva SSU NRデータベースに対し、およそ4日。

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