Platform for Drug Discovery


BWA, GATK and snpEff + GE (human (hs37d5) only, for small amplicon data, PE) [IN: fastq (paired-end) (max 10)]


Introduction


    このパイプラインは、Illuminaで読まれたアンプリコンシーケンスのデータを入力として、SNV, INDELを抽出するパイプラインです。Exome、WGS用には こちら のパイプラインをご利用ください。マッピングはBWAで行い、変異の抽出はGATKによって行います。Exome、WGS用のパイプラインと比較すると、Picardによる重複リードの除去、GATK IndelRealigner, BaseRecalibrator, VariantRecalibratorのステップが除かれています。結果の説明などは こちら をご参照ください。