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[日本語]  

Sprai


Introduction


    This pipeline is useful for the researcher who deal with reads from PacBio.

    このパイプラインは、Spraiというアセンブラーを用いて、PacBioのシーケンスデータから新規にゲノム配列を作成します。


    Input formatbas.h5 (from PacBio)
    Execution timeAbout 1 day. (200k subreads)

    Result
    Image
    corrected reads
    Image
    assembled contigs

Inputs


    ・ファイルはPacBioから出力される「.bam.h5」という拡張子のファイルを入力可能です。場合によっては、「.bax.h5」などのファイルも併せて登録する場合もあります。
    ・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。

Outputs


    実行例
    Image

    Sprai output
    Image
    corrected reads
    Image
    assembled contigs

    出力としては、
    1.Spraiによって、エラー補正される前のサブリード
    2.補正後のサブリード
    3.アセンブルされたコンティグ
    4.アセンブルされたコンティグを、元のリード情報を用いてquiverで補正したコンティグ
    が出力されます。

Options


Comments

Use case


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