Platform for Drug Discovery


SOAPdenovo scaf and GapCloser (PE)


Introduction


    このパイプラインは、何かしらのツールでアセンブルされたコンティグと、ペアエンドのリードを用いて、scaffoldingを行います。さらにscaffolding後に、つなぎ合わされたコンティグ間で「N」となっている配列をGapCloserを用いて埋めます。


    Input formatFASTQ(Illumina, IonTorrent, etc...), FASTA
    Library layoutFor paired-end read only
    SpeciesUnspecified
    Execution timeAbout 1 hour. (7M paired-end reads[50bp+50bp])


    Result
    Image
    Image
    Scafold sequences


Inputs


    ・ファイルはFASTAファイルと、ペアエンドのFASTQファイルを1~10サンプルの範囲で入力可能です。
    ・FASTQについては、このページをご覧ください。
    ・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。
    ペアエンドの場合、フォワード側は「xxx_1.fastq」、「xxx_1.fq」、「xxx_1.txt」、「xxx_1_sequence.txt」、「xxx_R1_yyy.fastq」などとなっている必要があり、リバース側は「xxx_2.fastq」、・・・となっている必要があります。
    (例:my_sample_1.fastq, my_sample_2.fastq)


Outputs


    実行例
    Image
    output
    Image
    Image
    Scafold sequences

Options


Comments


    入力となるFASTAファイル中に「N」があると、それらは「G」に変換されるため、注意が必要です。

Use case


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