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[日本語]  

Ray (PE)


Introduction


    This pipeline is useful for the researcher who deal with species without reference genome. It will takes a few days to finish whole analysis for the 240 million 50 bp paired-end data.


    このパイプラインは、Rayというアセンブラーを用いて、シーケンスデータから新規にゲノム配列を作成します。


    Input formatFASTQ(Illumina, IonTorrent, etc...)
    Library layoutFor paired-end read only
    SpeciesUnspecified
    Execution timeAbout 20 min. (7M paired-end reads[150bp+150bp])

    Result
    Image
    contig information
    Image
    Scafold sequences


    Pipeline history
    Image

Inputs


    ・ファイルはペアエンドのFASTQファイルを入力可能です。
    ・FASTQについては、このページをご覧ください。
    ・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。
    ペアエンドの場合、フォワード側は「xxx_1.fastq」、「xxx_1.fq」、「xxx_1.txt」、「xxx_1_sequence.txt」、「xxx_R1_yyy.fastq」などとなっている必要があり、リバース側は「xxx_2.fastq」、・・・となっている必要があります。
    (例:my_sample_1.fastq, my_sample_2.fastq)


Outputs


    Ray output
    Image
    contig information
    Image
    Scafold sequences

Options


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Use case


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