Platform for Drug Discovery


Bismark base multi sample comparison pipeline(SE, with RefFlat annotation)


Introduction


    多サンプル間のメチル化率の総当たり比較パイプライン。バイサルファイト(Bisulfite)処理後のリードのマップにはBismarkが用いられます。

    Input formatFASTQ (single-end), BED, genePred (refFlat)
    Library layoutsingle-end
    SpeciesUnspecified
    Execution timeAbout 5 hours. (3 samples that contain about 4 million reads)