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RECLU: PathwayAnalysis


Introduction


    RECLU: PathwayAnalysis
    The PathwayAnalysis pipeline performs an enrichment analysis based on the REACTOME network database. For more detail, refer to the summary of the GOAnalysis pipeline.

    Input formatbed
    Library layoutUnspecified
    SpeciesHuman(hg19), Mouse(mm10)
    Execution timeAbout 10 min.

    Results

    Image

    Pipeline history

    Image

Inputs


    Input 1: RECLU Toppeaks data (Required)

  • Check the dataset type explanation: bed
  • BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track.
    UCSC Genome/FAQ:Data File Formats

  • Input 2: RECLU Bottompeaks data (Required)

  • Check the dataset type explanation: bed
  • BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track.
    UCSC Genome/FAQ:Data File Formats

Outputs


    HTML report


    Image
    (1)Toppeaks-Upregurated
    Image
    (2)Toppeaks-Downregurated
    Image
    (3)Bottompeaks-Upregurated
    Image
    (4)Bottompeaks-Downregurated


    REACTOME IDクリックするとREACTOMEのそのpathwayの説明ページにジャンプする
    Pathwayパスウェイ名
    Counts入力遺伝子のうち、このGO termにヒットした遺伝子の数
    %入力遺伝子のうち、このGO termにヒットした遺伝子の割合(%)
    P-value値が小さいほど有意とする指標。多重検定では有意ではないのに有意としてしまう危険がある。
    FDRFalse Discovery Rateで値が小さいほど有意とする指標。P-valueの多重検定の課題を改善した補正値。 この値を参考に候補を絞り込む。

Options


    Image

    GENOME_ID:解析するデータの生物種のreference genomeバージョン。
    moirai/prepareGO logfoldchange:GO解析に用いる発現差遺伝子のlog fold changeの閾値。この値よりもlog fold changeの絶対値が大きい遺伝子を解析に使用。デフォルト値は2.0だが変更可能。
    moirai/prepareGO pvalue:GO解析に用いる発現差遺伝子のP値の閾値。この値よりもP値が小さい遺伝子を解析に使用。デフォルト値は0.05だが変更可能。

Comments


Use case


Related information


    Public
    RR is a language and environment for statistical computing and graphics.(Original site)

    RIKEN CLST Original
    prepareGO
    windowBedOhmiya
    groupByOrg
    executePathwayAnalysis
    pathwayAnalysis.sh
    adjustPvalue.sh

References