Platform for Drug Discovery



Rapid comparison of two RNA-Seq


Introduction


  • This pipeline is useful for the user who want to get the result immediately. It takes a whole day to analyze with 240 million 50 bp paired-end reads.


  • Input formatFASTQ(Illumina, IonTorrent, etc...)
    Library layoutFor paired-end read only
    SpeciesHuman(hg19,hg18), Mouse(mm9), Rat(rn4), Chicken(galGal3)
    Execution timeAbout 11hour (30M single-end reads[150bp] 2 samples)


    Results
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    Pipeline history
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Inputs

Outputs


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    Differential expression analysis reort
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    Genome Explorer (Our original viewer)

Options

Comments

  • GenePred形式のアノテーションファイルで、領域の重なりがあるエントリーが存在するとき重複領域のタグをカウントしない仕様である点に注意。


Use case

  • Example1: 各76bp・100万ペアエンドリード(SRX082566, SRX082565から1Mリードをランダム抽出)2組を入力とし、UCSCのhg19 refFlatファイルを用いて比較解析を行った。


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