Platform for Drug Discovery


[日本語]  

Samtools mpileup


Introduction


    Call genomic variants with samtools mpileup.

    このパイプラインは、samtools mpileupによってマッピングされたBAMファイルから、SNV, INDELのリスト(VCF)を作成します。


    Input formatBAM(ソート済み)
    SpeciesHuman, Mouse, etc.
    Execution timeAbout 6 hours. (7M paired-end reads[150bp+150bp])

    Result
    Image
    VCF file

    Pipeline history
    Image

Inputs


    ・ファイルはBAMファイルを入力可能です。
    ・BAMについては、このページをご覧ください。
    ・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。

Outputs


    Samtools mpileup output
    Image
    VCF file

Options


Comments


Use case


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