データ開発拠点Cell Innovation


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Service

データ解析拠点では、世代シーケンサー(NGS)によるデータを解析するためのNGS解析プラットフォームを提供しています。このプラットフォームは、独自に開発した解析システム(Maser, CONG)および各種ビューワ(Genome Explorer, gGraph, iGene)を提供しています。
Maser, CONGの解析システムでは、既存のNGS解析ツールを単体または複数組み合わせてた解析フローを「解析パイプライン」として構築しそのパイプラインを通じて解析処理を行います。
なお本プラットフォームの利用に際してはユーザ登録が必要となります。


解析プラットホーム利用のためのユーザ登録

利用ご希望の方は以下のメールアドレスまで、お名前、メールアドレス、ご所属を明記の上お申し込みください。
お申込みE-mailの例および注意点はこちらのサイトを御覧ください。

Registration

Maser

「Maser」は次世代シーケンスデータの解析プラットフォームです。自分のデータを登録して解析パイプラインを実行したり、解析の処理過程を閲覧したり、解析結果をダウンロードしたりすることができます。具体的な利用方法は、マニュアルを御覧ください。



Genome Explorer

次世代シーケンサーが産生するShort Readのリファレンスへのマッピングデータを可視化するWebアプリケーションシステムです。
閲覧可能な解析データを任意に組み合わせて表示することが可能な自由度の高いシステムであり、解析データ間の比較・検討が容易に行えます。具体的な利用方法は、マニュアルを御覧ください。

主な機能
  • 高速かつシームレスなゲノム位置の移動、また表示領域の拡大縮小が可能です。
  • 解析の目的に適した形態でのShort Readが可視化されます。
  • 研究者の保有する多様なサンプル由来の解析データを任意に選択・表示可能です。
  • 表示位置を任意に指定可能とすることで、比較したいサンプル群を適した位置に配置可能です。


CONG

CONG とはCloud Commander for NGS の略で、Web からコマンド感覚で次世代シーケンサー(NGS)解析ツール群を実行できるクラウドコマンダー起動システムのことです。詳しくはマニュアルを御覧ください。

主な機能
  • データ解析拠点の豊富なコンピュータリソースを利用できます。
  • 超大量ショートリードのデータ解析が可能です。
  • 最新ツールや最先端技術を容易に利用可能です。
  • 計算機構成を意識しないクラウドコンピューティングを活用できます。
  • 解析データが既にデータ解析拠点に存在すれば、改めてデータファイルをアップロードする必要がない。Web からファイルを選択すればOK。
  • CONG を利用することで、自前でハードウエアやソフトウエアを用意する必要がない。もちろん解析ツールのインストールも行う必要がありません。
  • 出力データはデータ解析拠点の大容量ストレージに保管されるため、ディスクの空き容量を考慮せず解析を行うことができます。
  • コマンド操作が分かれば、解析ツールをコマンド感覚で実行可能です。
  • CONG はグリッドエンジンを使用して複数サーバで解析処理を分散しているため計算時間を短縮できます。
  • 計算開始と完了はメールで通知される。通知メールから出力ファイルをダウンロードできます。


gGraph

次世代シーケンサによるデータは網羅性がある一方、データが膨大であるため、複数の注目する領域に辿りつくまでに手間がかかる例が多いくデータ解析拠点では、このような状況への対応として、gGraph, iGene等を開発しました。このうちgGraphは全染色体のマッピング状況を俯瞰するビューワです。



iGene

ピークの存在する箇所を自動的に詳細レベルまで段階的解像度で表示させるビューワです。



解析パイプライン

次世代シーケンサー(NGS)のデータを解析するための処理フローを定義したもので、MaserCONG上で実行します。

基本コンセプト
  • 一つ処理は複数のモジュールやコマンドで構成されています。階層構造化することで、解析担当者しか知らなくて良い細かな処理を隠蔽し、初心者やWet研究者にも理解しやすくしています。
  • Wet研究者にもデータアクセスしやすいように作成したスクリプトは複雑なライブラリ依存性の少ないPerl, Rで作成しているため、構築したパイプラインは既存の他の解析プラットフォームへの移植が容易です。また使用ツールのインストールログも公開中です。

  • 解析パイプラインの種類や詳細については "NGS Pipeline Menu Wiki" をご覧ください。
  • NGSの各種情報を"NGS Surfer's Wiki" にて提供していますので合わせて参照ください。