Platform for Drug Discovery


Bowtie


概要


  • 最も使用されているマッピングツール。非常に高速ですが、InDelは考慮しない、"-v"モードと"-n"モードで仕様が大きく異なるなど使用上の注意点があるようです。

インストール方法・使用方法


リンク

index作成

  • tool/bowtie-0.12.3/bowtie-build hg19.fa hg19
  • インデックス作成時には拡張し".fa"なしの"hg19"などにすることをお勧めします。".fa"を含めても動作しますが、このインデックスを使用するTopHatの実行時に"hg19.fa.fa"という配列を探しに行き、見つからないので、配列を再構築する等の無駄が発生してしまいます。

index作成(color space用)

  • tool/bowtie-0.12.3/bowtie-build -C hg19.fa hg19

mapping処理

  • マッピング処理にIndex作成済みのリファレンスゲノムを渡します。Index作成時に指定したprefix(この場合は"hg19")を指定します。
  • ※base space用とcolor space用のindexは共用できません。
    • tool/bowtie-0.12.3/bowtie -p 1 -S hg19 SRR023853.fastq > SRR023853.sam

mapping処理(color space用)

  • tool/bowtie-0.12.3/bowtie -p 1 -S -C hg19 SRR036757.fastq
    
     > SRR036757.sam

メモ


    1. 入力書式はFASTQ,FASTA,RAW他、Illumina用qual対応など豊富。
    2. InDelは検出できない。そういうオプションがない。※pairのinsert最小、最大を規定は出来るが意味が異なる。

参考



Contact us
Copyright © 2009-2017 National Institute of Genetics  [Site Policy] [Privacy Policy]