Platform for Drug Discovery


Bowtie2


概要


  • 短鎖~長鎖(50塩基以上推奨上限なし)のリードをリファレンスゲノムに高速アライメントするマッピング用のツール。
  • RNA-Seq解析用のTopHat2、Bisulfite-Seq用のBismark他、様々なプログラムのマッピングエンジンとしても利用される。
  • Bowtieのバージョン1ではInDelの検出が出来なかったが、Bowtie2では検出可能。
  • オプションでローカルアライメントモードにも対応し、用途を広げている。
  • 少なくとも"Version 2.1.0 - February 21, 2013"の時点では、SOLiD等向けcolorspace対応しないと明言している。

メモ


参考



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