Platform for Drug Discovery


Cufflinks


概要


  • TopHatなどを利用してgenomeに対してRNA-Seqをマッピングした結果を入力に、既知のアノテーション情報に依存しない遺伝子構造予測とその発現量情報を出力するツールです。

概要図


  • Quote:
    Image
  • (農業生物資源研究所 ゲノム情報研究ユニット (伊藤 剛 先生) より許可を得て転載)

使い方


  • Quote:
    # fastqファイルをgenomeにmapping
    # paired-endによるシークエンスにはmate innner distanceを指定
    $ tophat -r 50 --solexa-quals /path/to/
    bowtie-indexes/chr1 /path/to/samples/
    exp_1.fq /path/to/samples/exp_2.fq
    # 得られたaccepted_hits.samから発現量を計算
    # 同じくmate innner distanceを指定
    $ cufflinks -m 50 /path/to/exp_tophat_out/
    accepted_hits.sam
    .gtfファイルの処理の一例
    Cuffcompare: 既知のannotation data等との比較
    (referenceとなるgtfファイルはensemblなどのゲノムデータベースから入手可能)
    $ cuffcompare /path/to/reference/
    reference.gtf /path/to/cufflinks_output/
    transcript.gtf
  • ~iNutさんのブログ(23. Giugno, mercoledì)(external link)とそのPDF(external link)リンク

バージョンごとの違い



トラブルシューティング



論文



参考


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