Platform for Drug Discovery


DEGseq


概要


  • RNA-Seqから得られたタグカウント、またはRPKMを用いて2群間比較の各種検定を行い、レポートを出力するパッケージです。
    • 用意された群間比較の検定手法は
      #略号英語名称日本語
      1LRTLikelihood Ratio Test (Marioni et al. 2008), 尤度比検定
      2CTRCheck whether the variation between two Technical Replicates can be explained by the 3random sampling model (Wang et al. 2009),
      4FETFisher's Exact Test (Joshua et al. 2009), フィッシャーの正確確率検定
      5MARSMA-plot-based method with Random Sampling model (Wang et al. 2009),
      6MATRMA-plot-based method with Technical Replicates (Wang et al. 2009),
      7FC Fold-Change threshold on MA-plot.
  • BED、Elandフォーマットのマッピング結果と、refFlat.txtの遺伝子アノテーション情報から、タグカウント、RPKMを算出する機能もあり、BAM->BEDでお手軽に群間比較することができます。

メモ


  • 同一geneSymbolでAccession noが異なるエントリーは、最初に出現するgeneSymbolのエントリーに対する処理しか出力されません。
    • 上記は即ちスプライシングバリアントの考慮を行わないことも意味しています。
  • getGeneExpの結果出力される"log2(Fold_change) normalized"カラムの説明はこちら。

デモデータの結果画面の例


  • Image

インストール方法


  1. Rを起動して以下のように実行します。Rがインストールされているサーバが外部ネットワークに直接接続出来ない場合は、ダウンロードした実行ファイルを使用する方法が利用できます。
> library(DEGseq)

 以下にエラー library(DEGseq) :  'DEGseq' という名前のパッケージはありません 

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

BioC_mirror = http://www.bioconductor.org

Change using chooseBioCmirror().

> biocLite("DEGseq")

Using R version 2.11.1, biocinstall version 2.6.9.

Installing Bioconductor version 2.6 packages:

[1] "DEGseq"

Please wait...

also installing the dependencies ‘IRanges’, ‘GenomicRanges’, ‘Biostrings’, ‘Rsamtools’, ‘Biobase’, ‘hwriter’, ‘impute’, ‘qvalue’, ‘ShortRead’, ‘samr’

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/IRanges_1.6.17.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 1613601 bytes (1.5 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 1.5 Mb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/GenomicRanges_1.0.9.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 1035759 bytes (1011 Kb)

 開かれた URL 

downloaded 1011 Kb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/Biostrings_2.16.9.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 2109005 bytes (2.0 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 2.0 Mb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/Rsamtools_1.0.8.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 1399652 bytes (1.3 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 1.3 Mb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/Biobase_2.8.0.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 2580514 bytes (2.5 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 2.5 Mb

 URL 'http://cran.fhcrc.org/bin/windows/contrib/2.11/hwriter_1.2.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 110257 bytes (107 Kb)

 開かれた URL 

downloaded 107 Kb

 URL 'http://cran.fhcrc.org/bin/windows/contrib/2.11/impute_1.24.0.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 1205991 bytes (1.2 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 1.2 Mb

 URL 'http://cran.fhcrc.org/bin/windows/contrib/2.11/qvalue_1.24.0.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 482561 bytes (471 Kb)

 開かれた URL 

downloaded 471 Kb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/ShortRead_1.6.2.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 2496100 bytes (2.4 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 2.4 Mb

 URL 'http://cran.fhcrc.org/bin/windows/contrib/2.11/samr_1.28.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 80418 bytes (78 Kb)

 開かれた URL 

downloaded 78 Kb

 URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.6/bioc/bin/windows/contrib/2.11/DEGseq_1.2.2.zip' を試しています 

Content type 'application/zip' length 2329946 bytes (2.2 Mb)

 開かれた URL 

downloaded 2.2 Mb

package 'IRanges' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'GenomicRanges' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'Biostrings' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'Rsamtools' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'Biobase' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'hwriter' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'impute' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'qvalue' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'ShortRead' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'samr' successfully unpacked and MD5 sums checked

package 'DEGseq' successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded packages are in

        C:\Documents and Settings\nobfujii\Local Settings\Temp\RtmpPOKIoG\downloaded_packages

> library(DEGseq)

 要求されたパッケージ qvalue をロード中です 

Tcl/Tkインターフェースのロード中  終了済 

 要求されたパッケージ ShortRead をロード中です 

 要求されたパッケージ IRanges をロード中です 

 次のパッケージを付け加えます: 'IRanges' 

The following object(s) are masked from 'package:base':

    cbind, Map, mapply, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rbind, rep.int, table

 要求されたパッケージ GenomicRanges をロード中です 

 要求されたパッケージ Biostrings をロード中です 

 要求されたパッケージ lattice をロード中です 

 要求されたパッケージ Rsamtools をロード中です 

 要求されたパッケージ samr をロード中です 

 要求されたパッケージ impute をロード中です


論文


参考情報



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