Platform for Drug Discovery


FastQC


Overrepresented sequences


  • 頻出する配列パターンを列挙してくれます。
  • アダプタ等が残っている場合や、冗長度が高すぎる場合にこの値にバツがつきます。
  • 以下の配列はFastQCのパッケージの"FastQC-0.10.1/Contaminants/contaminant_list.txt"に配置されており、頻出したパターンが、これらの配列に部分一致する場合は、そのことを教えてくれます。
    • Illumina Single End Adapter 1-2
      Illumina Single End PCR Primer 1-2
      Illumina Single End Sequencing Primer
      Illumina Paired End Adapter 1-2
      Illumina Paried End PCR Primer 1-2
      Illumina Paried End Sequencing Primer 1-2
      Illumina DpnII expression Adapter 1-2
      Illumina DpnII expression PCR Primer 1-2
      Illumina DpnII expression Sequencing Primer
      Illumina NlaIII expression Adapter 1-2
      Illumina NlaIII expression PCR Primer 1-2
      Illumina NlaIII expression Sequencing Primer
      Illumina Small RNA Adapter 1-2
      Illumina Small RNA RT Primer
      Illumina Small RNA PCR Primer 1-2
      Illumina Small RNA Sequencing Primer
      Illumina Multiplexing Adapter 1-2
      Illumina Multiplexing PCR Primer 1.01/2.01
      Illumina Multiplexing Read1/Index/Read2 Sequencing Primer
      Illumina Multiplexing Index Sequencing Primer
      Illumina Multiplexing Read2 Sequencing Primer
      Illumina PCR Primer Index 1-12
      Illumina DpnII Gex Adapter 1/1.01/2/2.01
      Illumina DpnII Gex PCR Primer 1-2
      Illumina DpnII Gex Sequencing Primer
      Illumina NlaIII Gex Adapter 1.01/1.02/2.01/2.02
      Illumina NlaIII Gex PCR Primer 1-2
      Illumina NlaIII Gex Sequencing Primer
      Illumina Small RNA RT Primer
      Illumina 5p RNA Adapter
      Illumina RNA Adapter1
      Illumina Small RNA 3p Adapter 1
      Illumina Small RNA PCR Primer 1-2
      Illumina Small RNA Sequencing Primer
      TruSeq Universal Adapter
      TruSeq Adapter, Index 1-12
      Illumina RNA RT Primer
      Illumina RNA PCR Primer
      RNA PCR Primer, Index 1-48
      ABI Dynabead EcoP Oligo
      ABI Solid3 Adapter A/B
      ABI Solid3 5'/3' AMP Primer
      ABI Solid3 EF1 alpha Sense/Antisense Primer
      ABI Solid3 GAPDH Forward/Reverse Primer

参考情報



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