Platform for Drug Discovery


GADEM


特徴


  • de novoなモチーフ探索と、新しいバージョンではposition weight matrix (PWM)をシードとしたモチーフ解析が可能。

文献


メモ


  • 既知モチーフPWMをシードとして用いる際の入力ファイル書式
    • 凡例 スペースに見えるものはタブ文字
      [行数=4]	[列数=モチーフの長さ]
      
      [タブ区切りAの頻度(整数/小数)]
      
      [タブ区切りCの頻度(整数/小数)]
      
      [タブ区切りGの頻度(整数/小数)]
      
      [タブ区切りTの頻度(整数/小数)]
    • 例1 整数の行列の場合
      4       8
      
      0       0       11      0       1       0       2       8
      
      1       1       0       9       0       3       7       0
      
      1       10      0       2       10      0       1       1
      
      9       0       0       0       0       8       1       2
    • 例2 小数の行列の場合
      4	8						
      
      0	0	1	0	0.091	0	0.182	0.727
      
      0.091	0.091	0	0.818	0	0.273	0.636	0
      
      0.091	0.909	0	0.182	0.909	0	0.091	0.091
      
      0.818	0	0	0	0	0.727	0.091	0.182
  • GADEMシード用のPWMを用意する

参考



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