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DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較



1. 注意

  • ※本ページに掲載された図表は各紙から使用許諾を得ております。これらに関しての権利は各紙か著者に帰属しますので、二次利用の際は別途許諾を得て下さい。

2. タイリングマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較表

  • Quote:
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    • Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Wang et. al., 2009)(external link), copyright (2009)

3. ダイナミックレンジの比較

  • Scienceの図表は転載の使用許諾時に課金されるため、直接論文を参照ください。
  • (Nagalakshmi et. al., 2008)(external link)
  • ダイナミックレンジはRNA-Seqの方が高いため、発現量の大きいものから、小さいものまで検出できるという認識。

  • 4. 発現量(強度)そのものの相関

    • Quote:
      Image
      Comparison of Affymetrix intensity values with final RPKMs, which includes multireads.Genes with 30% contribution of multireads to their final RPKM are marked in red.
    • Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Methods (Mortazavi et. al., 2008)(external link), copyright (2009)

    5. 発現量比の相関

    • Quote:
      Image
      The methods are correlated (R = 0.75356, 95% CI: 0.7236–0.785). Colors indicate significantly differentially expressed genes at a FDR
      ***[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19435513|(Bloom. et. al., 2009)] **2サンプル発現量比を、アレイとRNA-Seqで相関を見ている。 !#発現強度(Low, Medium, High)ごとの相関 ** **
      Quote:
      ~np~Image
      Figure 2 | Quantifying expression levels: RnA-seq and microarray compared. expression levels are shown, as measured by RNA-Seq and tiling arrays, for Saccharomyces cerevisiae cells grown in nutrientrich media. The two methods agree fairly well for genes with medium levels of expression (middle), but correlation is very low for
      genes with either low or high expression levels
      . The tiling array data used in this figure is taken from ReF. 2, and the RNA-Seq data is taken from ReF. 18.
    • Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Wang et. al., 2009)(external link), copyright (2009)
    • Quote:
      低発現や高発現では相関が低い
      (概して、シーケンサーの方が検出力が高いからこうなる、と解する)
      (農業生物資源研究所 ゲノム情報研究ユニット (伊藤 剛 先生) の発表資料からの引用コメントを許可を得て転載)

    6. ChIP-chipとChIP-Seqの比較表

    • Quote:
      Image
    • Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Park PJ, 2009)(external link), copyright (2009)
    • コメント:ChIP-chipに比べ、ChIP-Seqの方が、解像度が高く、ゲノムカバー率も高く、必要サンプル量が少なく、PCR増幅回数が少ないためバイアスが少ないことが期待される。
    • 上記Reviewの情報は京都大学iPS細胞研究所中村正裕先生から情報いただき、Macmillan Publishers Ltd.の許可を得て掲載しております。

    転載元・引用


    参考

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