Platform for Drug Discovery


シーケンサープラットフォーム(機種)の違い


プラットフォーム比較論文

スループットの比較表

プラットフォームの比較表

利用実績

  • 利用実績を図る一つの参考情報に、公開リードアーカイブ(SRA/DRA/ERA)に登録されたラン数の統計を見る方法が考えられます。
  • プラットフォームごとに、1ランでのスループットが全く異なるので、単純数の比較に厳密な意味はありませんが、何サンプルに使われているかの目安にはなると考えられます。
  • 公共SRAデータ統計(機関別上位100)(external link)
    • ラン数のみ
  • 公共SRAデータ統計(シーケンサー毎の ラン数、リード数、塩基数、平均リード長)(external link)
  • 公共SRAデータ統計(シーケンサーの実験種別統計)(external link)
    • WXS(exome), WGS(ゲノムシーケンス), AMPLICON(16s rRNAやターゲットリシーケンス), RNA-Seq, ChIP-Seqなどの目的と機種のクロス集計です。
  • 公共SRAデータ統計(シーケンサーの機関別統計)(external link)
    • BI(Broad Institute), SC(The Sanger Center), BGI(Beijing Genomics Institute)などの機関と機種のクロス集計です。
  • 公共SRAデータ統計(シーケンサー毎の年別統計)(external link)
    • 年別と機種別のクロス集計です。使用の伸び率が見てとれます。
    • 上記のデータはセルイノベーションデータ解析拠点が定期的(1か月毎)に更新している統計情報です。
  • 生の声

    • 少なくともマッピング一つとってみても、プラットフォームが異なれば、選択すべきマッピングプログラムや、パラメータは全く異なってきます。GAIIでうまくいったから、Solidも同じようにやればうまくいくという軽い気持ちは持たない方が良さそうです。基本的なツールの選定、パラメータの検討などは、プラットフォームごとに行わなければならないと考えるべきだと思います。(遺伝研 分析研 藤井)

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