Platform for Drug Discovery


Trinity


メモ


    ダウンロードして展開したディレクトリの中でmakeとすると実行ファイルができる。
    JAVA1.6以上が必要。
    スタックサイズをunlimitedにしておかないと、インプットのファイルが大きくなると以下のエラーが出る。
    In nearly all cases, this is related to not having the stacksize set to unlimited, a prerequisite to running Trinity.
    ulimit -s unlimited
    
    ./Trinity.pl --seqType fq --left read1_1.fastq --right read1_2.fastq --run_butterfly --CPU 16 --bfly_opts "-V 10 --stderr" --bflyHeapSpace 10000M

    Xenon 3GHz x 16コア ・ メモリ148 GBのサーバでヒトのサンプル「SRR307905」(5700万リード x 76 bp)を解析したところ、15時間ほどで終了し、使用したメモリは20GB程度

アセンブル後の解析


    ダウンロードして解凍したフォルダの中に、utilityフォルダがあるので、このフォルダのツールを利用する。
    ただし、2011年11月現在バグが多く、そのままでの使用は厳しい。

論文


参考


Contact us
Copyright © 2009-2017 National Institute of Genetics  [Site Policy] [Privacy Policy]