Platform for Drug Discovery


解析フロー


目的別フロー

ゲノム配列新規決定

  1. denovoゲノムアセンブル ゲノムサイズ小(原核生物、単細胞真核生物)
  2. denovoゲノムアセンブル ゲノムサイズ大(高等真核)

外部の有用情報等

変異解析

  1. SNP解析
  2. small indel解析
  3. CNV解析
  4. ゲノム構造変異解析

外部の有用情報等

発現解析(転写物の量ベース)

  • 発現解析処理フロー
  1. RNA-Seqを用いた既知遺伝子の発現量計測
  2. RNA-Seqを用いた新規遺伝子の探索
    • ERANGE

外部の有用情報等

発現解析(転写制御領域の発見、解析)

  1. RNA-Seqを用いた新規遺伝子予測
  2. RNA-Seqを用いた新規スプライシングバリアント予測
  3. RNA-Seqを用いた新規noncodingRNA予測
  4. ChIP-Seqを用いたクロマチンまたは転写因子結合部位の探索

外部の有用情報等

メチル化DNA解析

  1. sodium bisulfite処理による解析
  2. Affinity enrichmentを用いた解析
  3. enzyme digestionを用いた解析
    • Methyl–seq処理解析フロー
    • MCA–seq処理解析フロー
    • HELP-Seq処理解析フロー
    • MSCC

外部の有用情報等

メタゲノム解析


外部の有用情報等

ターゲット生物種ごと

ゲノム決定状況

  1. ゲノム決定済み生物
    • ゲノム配列に対するマッピング
  2. ゲノム未決定生物、あるいは、既知のものからゲノムに大きな変異があるサンプル

遺伝子決定状況

  1. 既知のトランスクリプトーム情報がある
    • 既知のトランスクリプトームの発現解析を行う
    • 既知のトランスクリプトームに記載されない新規遺伝子を発見する
    • 既知のトランスクリプトームに記載のないsplicing variantを発見する
  2. トランスクリプトーム情報が無いか、既知のものより変異が大きい
    • denovo transcriptome assemble

解析フロー一覧(階層なし、順番不定)


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