Platform for Drug Discovery


初めての方へ


このサイトの作成経緯

  • 2010/09に公開
  • 文部科学省 革新的細胞解析研究プログラム セルイノベーションプロジェクト(external link)の一環でデータ解析拠点(external link)を担当している遺伝研のチームがサーバの管理や、ユーザアカウントの発行、初期のコンテンツの作成を行っております。
  • セルイノベーションプロジェクトに属する解析担当者間の情報共有から開始し、プロジェクト外のNGS解析者の知識、意見を取り入れるとともに、ナレッジを還元していくことを念頭に置いています。
  • NGS現場の会(external link)の皆様に2010年11-12月より参加いただいています。
    • 会のメンバーによる質疑応答の内容が当サイトの情報蓄積に貢献しています。
    • 会への参加も併せてご検討ください。
  • その他、プロジェクト外の解析担当者の方々にも積極的に参加いただきたいと考えています。

このサイトでやりたいこと

  1. 論文に報告され公開されているツールについて
    1. インストール、導入、使用時に陥るトラブルシューティング情報を蓄積しよう!
    2. 実行可能な最小データセットと、実行オプションを共有しよう!
    3. 使い勝手の生の声を共有し、インストールしたけど使えないなどの手間を減らそう!
    4. ツール付属のコンバータ等の情報を共有しよう!
  2. 自作ツールの共有
    1. 自作の結果ファイルのパーサ、フィルタ、コンバータなど、共有しよう!
  3. 業界動向など、有用情報の情報共有
    1. 論文の発表情報、シンポジウム等の新鮮な情報を共有しよう!

サイトの運営の理念

  • このサイトの理念は'互助'による、効率化です。
  • 多くの問題は'誰か'が解決してくれることは前提としないでください。
    • 基本的にはご自身で解決するもので、稀に第三者が手助けしてくれるかもしれません。
  • 問題解決の手段をまとめた情報を書き込んで下さい。
    • 助けていただいた第三者への恩返しの意味にもなるかと思います。
    • ご自身が解決した問題の解決手段を書きこむことで、他の誰かが助かる可能性が高まり、将来的に別の問題で自分が助かる可能性が高まることを期待して下さい。

コンテンツのライセンス

  • wikiページの新規作成、編集、コメント、フォーラムへの書き込みを含む下記例外を除く全ての公開コンテンツは投稿者によるCC-BY 表示 3.0 Unported(external link)ライセンスとなります。
    • 例外:個別に許可を得て転載の承諾を得ている図表、引用文については図表のライセンス保持者に帰属します。当サイト以外で使用する場合は別途承諾が必要ですのでご注意ください。個別の許可を得たコンテンツは"~より許可を得て転載"の記述があります。
  • 一部、メンバ限定で参照可能なデータ、スクリプト等は、CC-BY 表示 継承 3.0 Unported(external link)ライセンスとなります。つまり
    • 使用に関してはメンバは改変、営利目的での使用含め自由です。
    • 改変後の公開については、オリジナルの公開範囲(メンバ限定)に準拠して下さい。
  • 当サイトに投稿された公開情報は、セルイノベーションプロジェクト終了後に、別プロジェクト、あるいは別組織に移管される可能性があることをご留意ください。全メンバ限定情報についても同様に移管される可能性があります。

プロジェクト終了後

  • セルイノベーションプロジェクト終了後も本サイトは引き続きご使用いただけるよう調整中です。安心してコンテンツを追加ください。

なぜ日本語か?

  1. 英語に自信が無い人にも参加いただく為です。
    • 学生の方、テクニシャンの方、SEの方など、解析に関っている方々で英語での質疑応答が容易に出来ない人は多いと思います。
  2. 確証が無いノウハウも集めたいと考えています。英語に堪能な方以外は、微妙なニュアンスを英語で出すのは困難でしょう。
  3. 正直な話、サイトの企画をした人間が英語が得意でないことも大きな理由です。

他のサイトとの大まかな立ち位置の違い

  • ライフサイエンスQA-日本版BioStar-(external link)
    • 主に1問1当形式となる明確な質問・疑問はこちらに集積していくのが良いのではないでしょうか。
    • Q&A以外の情報共有にも使われているようです。
  • NGS現場の会(external link)
    • 上記の会のメンバーの方の多くの方が当サイトのメンバとして登録いただいています。
    • 上記の会では当サイト上での情報のやり取りに加えて、テレビ電話システムを用いた会議を開催するなど、顔の見えるコミュニケーションや、公開できない研究内容のディスカッションなども行っています。
    • メーリングリスト、twitterアカウントによる情報発信も行っています。
  • SEQanswers(external link)
    • ツールの開発者が直接質問に回答することも多いサイトです。
    • ツールに依存した高い専門性を持った質問は、こちらに英語で質問するのが良いのではないでしょうか。
  • BioStar(external link)
    • SEQAnswersと同様、英語でのQ&Aに利用します。
  • 各種、解析を行っている方々の個人のブログ
    • 情報を集積するために、当サイトからこれらブログにリンクを張らせていただいております。
  • 当サイト
    • 上記サイト等を始めとする有用な情報源に対して、ツールごと、解析目的ごとにリンクを張ったリンク集としての位置づけを目指します。
    • 解析フローを共有し、有志の間でそのブラッシュアップを行い、それに必要なコマンドの実行例、オプション、細かなツール、テストデータ、それらフローに対するトラブルシューティングなど、肉付けしていくことを試みます。

参加者の種類と違い

  • このサイトの参加者は、ゲストメンバの2種類に分かれます。
  • ゲストはサイトの閲覧、掲示板、フォーラムへの書き込みが出来ます。
  • メンバはゲストの権限の他、共用バイナリ、共用スクリプト、共用データのダウンロードが可能で、wikiページの編集、フォーラムトピックの追加が可能です。また、特定のコンテンツへのウォッチマークを付加することで、更新通知メールを自動配信することが可能です。
  • ゲストメンバ
    認証不要必要
    所属の登録不要必要
    掲示板への書き込み
    更新通知の受信不可任意
    共用バイナリのダウンロード不可
    共用スクリプトのダウンロード不可
    外部ツール動作確認用の最小データセットダウンロード不可
  • 研究機関の方だけでなく、企業所属の方も奮ってご参加いただけますと幸いです。

参加登録の方法と流れ


ゲストの方にお願いしたいこと

  • 可能であれば、以下ご協力ください。
  • このサイトの情報は"正確"さより、"正確でない情報もないよりあった方が良い"を優先しております。
    • 間違いを見つけたらページにコメントして、訂正ください。
    • その他、意見があればコメント下さい。
  • 追加した方が良い情報をコメント下さい。気付けばメンバがページに反映します。

メンバの方にお願いしたいこと

  • 可能であれば、以下ご協力ください。
  • このwikiをご自身のツール情報のリンク集にしてください。
    • 今は無いツールに関するページを作成して下さい。
    • ツールの
      • 原著論文へのリンク
      • 公式ページへのリンク
      • 使い方などが記載された関連ブログなどへのリンク
      • SEQAnswersなどそのツールのトラブルシューティング情報へのリンク
    • などのリンクを、出来ればそのリンク先がどういう情報か分かるコメントなどと一緒に付け加えて下さい。
    • プログラム付属のパーサ、コンバータ等の情報をコンバータ・パーサに追加して下さい。
      • これらの情報は、論文にも記載が無く、ネット検索でも出てこないことが多いため、情報を集約するメリットが大きいと思います。
  • NGS関連シンポジウム等の情報を知らせてください。
  • リリース前のシーケンサーの噂話を書き込んで下さい。
  • 解析フローを書いてください。
    • 解析フローの、分類が該当する場所などに、新しいページを作成し、フローを書き込んで下さい。
    • 分類が分からない場合は、以下に新しいページを追加してみてください。解析フロー一覧(階層なし、順番不定)
    • 一連の画面操作などの手順は、Tipsにページを追加して、そちらにリンクを貼るなどしてください。
    • ご自身のブログで解析フローやTipsをまとめておられる方は、そちらのリンクを張るなどしてください。
  • ツールのインストールトラブル・使用時トラブルのトラブルシューティングを書き込んで下さい。
    • などの書き込む場所があります。
    • 私(nobfujii 遺伝研 分析研 藤井)は、LSQAで回答を期待しない込み入ったツールのデバッグ等は、wikiのフォーラムに書き、LSQAで回答を期待するものは、LSQAで質問した上で、解決したら、解析フローTipsなどに、解決方法を記載し、LSQAにそのページのリンクを貼るという運用を取ろうと考えています。

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