Platform for Drug Discovery


コンバータ・パーサ



コンバータ

元書式変換後書式プログラムリンク元情報コメント
qseqfastqqseq2fastq 複数種の同名スクリプトがネット上に存在します。
SCARFFASTQ standardfq_all2std.pl scarf2stdmaq付属動作未確認
FASTQ-intFASTQ standardfq_all2std.pl fqint2stdmaq付属動作未確認
FASTQ Solexa/IlluminaFASTQ standardfq_all2std.pl sol2stdmaq付属solexaQuality/phredQuality変換
FASTQ standardFASTQ Solexa/Illuminafq_all2std.pl std2solmaq付属solexaQuality/phredQuality変換
FASTA+QUALFRG v.2convert-fasta-to-v2.plCA wgs-6.1付属動作確認中
FASTQ Solexa/IlluminaFRG v.2fastqToCACA wgs-6.1付属動作確認中。(Sanger FASTQは変換不能)
FASTAFASTQ standardfq_all2std.pl fa2stdmaq付属自動的にqualiy valueを付加。
.seq+.prbFASTQ standardfq_all2std.pl seqprb2stdmaq付属動作未確認
various FASTQ-likeFASTAfq_all2std.pl fq2famaq付属配列中に改行があると、最初の行しか取り出さないので注意。(事前にインターリーブする必要がある)
solexa exportFASTQ Solexafq_all2std.pl export2solmaq付属動作未確認
solexa exportFASTQ Sangerfq_all2std.pl export2stdmaq付属動作未確認
AB SOLiD readFASTQ Sangerfq_all2std.pl csfa2stdmaq付属動作未確認
SFF Roche454 readFASTQ standardsff2fastqindraniel/sff2fastq(external link)addToCA -clear 454をエミュレート
FASTQFASTA+QUALfq_all2std.pl std2qualmaq付属配列、Qスコア中の改行に非対応(インターリーブ処理必須)。処理は早い。
FASTQFASTAFASTX-Toolkit CAFASTQ形式には未対応
fasta
genbank
pir
embl
raw
ace
bsml
swiss
fasta
genbank
pir
embl
raw
ace
bsml
swiss
bioperlのseqIO リスト中のフォーマットで相互変換可能
私見:実行速度が極めて遅いので事実上NGSには非対応と言っても良いレベルです。
SOAP2出力SAMsoap2samsoap本家
SAMBEDSAM2BED変換フロー-SAM to BAMとBAM to BEDの合わせ技
SAMBEDsam2bedDr.Wangバグなどの問題多し。
GTFGFF3 Galaxy tools-Convert Formats(external link)
GFF3BED Galaxy tools-Convert Formats(external link)
BEDGFF Galaxy tools-Convert Formats(external link)こちらにGalaxyを用いた変換の解説ブログがあります。
ショートリードの憂鬱(BEDファイルをGFFファイルに変換)(external link)
BEDGFF3 Galaxy tools-Convert Formats(external link)
FASTATabular Galaxy tools-Convert Formats(external link)
GFFBED Galaxy tools-Convert Formats(external link)
MafBED Galaxy tools-Convert Formats(external link)
MAFInterval Galaxy tools-Convert Formats(external link)
MAFFASTA Galaxy tools-Convert Formats(external link)
TabularFASTA Galaxy tools-Convert Formats(external link)
FASTQFASTA Galaxy tools-Convert Formats(external link)
FASTQFASTA general Galaxy tools-Convert Formats(external link)
intersectBEDBED BEDtools(external link)
pair-endBEDBED BEDtools(external link)
BAMBED BEDtools(external link)
BEDBAM BEDtools(external link)
BED12BAM6 BEDtools(external link)
BED12igv BEDtools(external link)
blastsammisc/blast2sam.pl(external link)SAMtools(external link)
bowtiesammisc/bowtie2sam.plSAMtools(external link)
GERALD exportsammisc/export2sam.pl(external link)SAMtools(external link)
novoalignsammisc/novo2sam.pl(external link)SAMtools(external link)
pslsammisc/psl2sam.plSAMtools(external link)
sam.vcfmisc/sam2vcf.plSAMtools(external link)
soapsammisc/soap2sam.plSAMtools(external link)
aln.zoomsammisc/zoom2sam.pl(external link)SAMtools(external link)default Illumina outputsをサポート
blastsamblastn2sam.rbsesejun先生のブログLoud Minority (BLASTの結果をSAM形式に変換するスクリプト)(external link)rubyで書かれています。
bamwigbam2wig 複数種の同名スクリプトがネット上に存在します。
samwigsam2wig 複数種の同名スクリプトがネット上に存在します。
bamgff3,UCSC-style BEDbam2gff_bed.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
bamwig,bigWigbam2wig.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
barwigbar2wig.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
汎用textデータ頻度情報data2frequency.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
汎用textデータbeddata2bed.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
汎用textデータgffdata2gff.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
汎用textデータwigdata2wig.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
gff2gff3my_gff2gff3.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
USeqbigWig,bigBeduseq2bigfile.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
wigbedwig2data.plbiotoolbox(external link)同梱動作未確認
bedGraphbigWigbedGraphToBigWigUCSC Genome Bioinformatics(bedGraphToBigWig)(external link)動作未確認
bedbigBedbedToBigBedUCSC Genome Bioinformatics(bedToBigBed)(external link)動作未確認
bigBedbedbigBedToBedUCSC Genome Bioinformatics(bigBedToBed)(external link)動作未確認
bedGraphbigWigbedGraphToBigWig(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
bedbigBedbedToBigBed(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
bigBedbedbigBedToBed(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
bigWigbedGraphbigWigToBedGraph(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
bigWigwigbigWigToWig(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
fastanibfaToNib(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
fastatwoBitfaToTwoBit(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
genePredgtfgenePredToGtf(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
gff3genePredgff3ToGenePred(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
gtfgenePredgtfToGenePred(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作確認済み。動かない場合はこちらもどうぞ。gtfToGenePred
twoBitfastatwoBitToFa(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
wigbigWigwigToBigWig(external link)UCSC Genome Bioinformatics(external link)動作未確認
genePredbedgenePredToBed(external link)
fasta+qualfastqfastaAndQualToFastqBioRuby ML
gff3gtfrtracklayer?BioStar(Question: Convertion of GFF3 to GTF)(external link)
genePredbedgenePred2BednobfujiiCC-BY
bed12genePredbed12ToGenePrednobfujiiCC-BY
csfastqcsfasta+qualcsfastq2csfasta_qualnobfujiiCC-BY-SA





Contact us
Copyright © 2009-2017 National Institute of Genetics  [Site Policy] [Privacy Policy]