Platform for Drug Discovery


edgeR


メモ


  • version 2.4.3のvignettsを読んで備忘がてら、概要の記載を試みます。
  • "classic edgeR"と"glm edgeR"の2つが存在している。
    • 呼称開発者特徴
      classic edgeRRobinson and Smyth (2007, 2008)Exact statistical methods for multigroup experiments
      glm edgeRMcCarthy et al. (2011)statistical methods based on gen-eralized linear models, suitable for multifactor experiments of any complexity
    • 両方が経験(的)ベイズ法であり、補完的に一連の解析を繋ぐ関係にある。
  • RNA-Seq,SAGE,CAGE,ChIP-Seqなどでのサンプル間比較に適用できる。
    • 遺伝子、exon、転写物、タグレベルの発現差に適用可能。
    • exonレベルの解析はスプライシングバリアントや、isoform特異的発現差の検出に拡張可能。
  • 最小レベルのbiological replicateに対応。
  • 問合せ等

インストール方法


  1. Rを起動して以下のように実行します。Rがインストールされているサーバが外部ネットワークに直接接続出来ない場合は、ダウンロードした実行ファイルを使用する方法が利用できます。
    • source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
      
      biocLite("edgeR")

論文



参考


Contact us
Copyright © 2009-2017 National Institute of Genetics  [Site Policy] [Privacy Policy]