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NGSを用いたエピゲノム解析


謝辞

  • 本ページの情報は、京都大学 iPS細胞研究所中村正裕先生の資料を参考に、先生のご厚意と、Macmillan Publishers Ltd.他各紙出版元の許可を得て掲載しております。
    • ※これら各紙から転載許諾頂いた図表に関しての権利は各紙か著者に帰属しますので、二次利用の際は別途許諾を得て下さい。

エピゲノムに関る因子とその遺伝子発現調節機能について

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    • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Biotechnology (Bernstein BE, et. al., 2010(external link)), copyright (year of publication)
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    • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature (Fraser P, et. al., 2007(external link)), copyright (year of publication)
    • ↑クロマチンcis/trans elementの相互作用の様子。
    • 以下のレイヤーが存在する。
      • DNAメチル化
      • DNAアクセシビリティー
      • DNA結合タンパク
      • ヒストン修飾
      • RNA
      • ポリコーム複合体
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    • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Revies Genetics (Zhou VW et. al., 2011(external link)), copyright (year of publication)
    • コメント:各レイヤーでOFF/ONの調節が行われる。

ChIP-Seq原理概説

  • ChIPによるDNA結合タンパクが結合する部位のDNAの濃縮手順
    • ChIP-seq:welcome to the new frontier. Nat Methods. 2007 Aug;4(8):613-4.など参考のこと
    • 1. ホルムアルデヒドによるDNA-タンパク質の結合の架橋(クロスリンク)
    • 2. DNA断片化
    • 3. IP(ImmunoPrecipitation:免疫沈降)による精製
    • 4. DNA-タンパク質の脱架橋(リバースクロスリンク)
  • DNA抽出後各種シークエンサーによるシークエンシング実施。
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    Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Park PJ, 2009(external link)), copyright (2009)
    ↑ChIP-Seqピークの求め方↑ChIP-Seqピークの例
  • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Park PJ, 2009(external link)), copyright (2009)

ChIP-chipとChIP-seqの違い


ヒストン修飾の種類と制御

メチル化DNA解析の種類と特徴

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    • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Laird PW, 2010(external link)), copyright (2010)
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    • Adapted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Laird PW, 2010(external link)), copyright (2010)
    • ↑右の上から4つ(GoldenGate,Infinium,Enzyme-chip,MeDIP-chip)はマイクロアレイ、右下6つ(BSPP,BC-seq,Enzyme-seq,RRBS,MeDIP-Seq,WGSBS)はシーケンスベース。

酵素分解Enzyme digestion系の処理概念図

抗体による濃縮Affinity entrichment系の処理概念図

バイサルファイト処理Sodium bisulphite系の処理概念図

バイサルファイト処理手法

メチル化以外の修飾に関する論文

クロマチン構造解析関連

エピゲノム解析関連データの入手先に利用できるサイト

転載元・引用


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