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使用方法


1. 各種評価指標を算出する方法


  • 入力データ
    • tagAlignフォーマットか、BAMフォーマット
  • 出力データ
    • #カラム概要説明
      1ファイル名入力に利用したtagAlignかBAMファイルの名前out.bam
      2リード数総マップリード数68304242
      3推定断片長トップ3の局所最大値の相互相関を持つ時のstrand shiftの値220,285,310
      4推定断片長の相互相関カンマ区切りの第3列に対応した降順の相互相関の値0.38378307539806,0.368505542212937,0.368276598292137
      5 リード長に依るファントムピークのstrand shift50
      6 ファントムピークの相関0.3787657
      7 相互相関が最小になるときのstrand shift590
      8 相互相関の最小値0.3666134
      9NSC値Normalized strand cross-correlation coefficient (NSC) = 第4列 / 第8列1.046833
      10RSC値Relative strand cross-correlation coefficient (RSC) = (第4列 - 第8列) / (第6列 - 第8列)1.412874
      11 RSCの閾値に基づいたquality タグ(※2)1
    • ※1 殆どのケースで最初の1つが支配的(predominant)な断片長を示す。
    • ※2 qualityタグの値と評価
      評価
      2非常に高い
      1高い
      0中程度
      -1低い
      -2非常に低い

文献


参考


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