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プログラムのダウンロードはどれを選べばよいのか


このページについて


  • バイオインフォマティクス関連ツールの使用者は、Linux、windows、MaxOS、Solarisなど、OSのプラットフォームが多岐にわたります。
  • 当然、ツールの提供者もそれに合わせて様々な環境用の実行プログラムを提供します。
  • この際、OSの種類などになじみの無いユーザにとっては、どれを選べばよいかは悩みの種の一つだと思います。
  • このページではその悩みを多少なりとも解決することを目的としています。

ソースかバイナリか


  1. プログラムのソース
    • プログラムのソースコードとして提供します。プログラムを実行するためにはコンパイル等の実行環境に適したバイナリを生成する処理が必要になります。
    • 利点
      • 様々な環境で実行可能にできる汎用性がある。
      • 第三者がソースからバグなどを発見しやすい。
      • いい意味でも悪い意味でもプログラム資産を流用しやすい/されやすい。
    • 欠点
      • コンパイル作業でつまずく危険性が高い。
        • 依存するライブラリの整備が大変なこともしばしば。
      • コンパイルの大変さを敬遠して使われない可能性も高くなる。
  2. プログラムのバイナリ
    • プログラムを実行可能なバイナリファイルとして提供します。
    • 利点
      • 基本的にダウンロードして、解凍すればすぐに使用できます。
      • インストールに際してつまづく危険性を大きく減らせます。
    • 欠点
      • 開発者側が様々な環境のバイナリを準備しなければなりません。
      • 上記の準備にかかる労力を敬遠して、バイナリを提供しないツールも多々あります。
      • マイナーなOS用のバイナリは提供されていないことも多いです。
        • 例:SOAPdenovoは2011/02/03日現在、Solaris版のバイナリをオフィシャルに提供していない。Linuxよりメモリ積んだマシンがあるのに...。など。

32bitか64bitか


  • この記事を記載している現在は32bitと64bitの過渡期にあるため以下のような問題が発生しえます。
    • blatなど、マシンが64bitなのに、32bitのバイナリしかない。
    • 自分のPCのwindowsOSが32bitだけど、IGVは32bitでは満足に動かない。
  • 32bit用バイナリと64bit用バイナリは全く別物と考えて差し支えない(動く場合もありますが)。

自分のOSが何か調べる


windowsの場合


  • "システムのプロパティ"を表示します。
    • 開き方は以下の情報など参考にしてください。
  • windows7の場合
    • 例:Image
      • "システムの種類"に"64ビットオペレーティングシステム"と書いてあるので64ビットマシンです。
      • "32ビットオペレーティングシステム"と書いてあれば32ビットマシンです。
  • windowsXPの場合
    • 例:Image
      • 32bit版の場合は、特に32~とは記載されません。OSが64bit版の場合は"システム:"に"Microsoft Windows XP 64 bit Edition"の記載と、画面下の方の"CPU"の近辺に"64"何某か書かれている場合が多いです。

MacOSの場合


  • 良く知らないので書けません。

Linuxの場合


  • $ uname -a
    • 64bit Linuxの例例
      $ uname -a
      Linux #ホスト名マスク中# 2.6.18-128.el5 #1 SMP Wed Dec 17 11:41:38 EST 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
      • "x86_64"が64ビットマシンであることを示しています。

参考


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