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リファレンスデータ


non-coding RNA


サイト名説明エントリ数
miRBase(external link)microRNA database18,226(Rel. 18)
NONCODE(external link)All kinds of noncoding RNAs (except tRNAs and rRNAs) ver.3.0の統計情報(external link)411,554(ver. 3.0)
Rfam(external link)Database of noncoding RNA families2,756,313(ver. 10.1)
fRNA(external link)A comprehensive non-coding RNA sequence database (複数のRNAデータを統合Datasource(external link))510,055(ver. 3.4)
lncRNA(external link)Eukaryotic long non-coding RNAs (lncRNAs)
NRED(external link)The ncRNA Expression Database(NRED)
Human Body Map lincRNAs(external link)Human large intergenic non-coding RNA(lincRNA) Catalog


転写因子関連のデータベース

サイト名説明エントリ数
AnimalTFDB(external link)多様な50種の生物種の転写制御因子の情報を集めたサイト(ドメイン構造、3D構造の情報をもつヒト:1544エントリ
TRANSFAC(external link)真核生物の転写因子情報を集めたサイト(シスエレメント情報もある)遺伝子2397エントリ
JASPAR(external link)実験的に確かめられた真核生物のキュレーションされた重複のない転写因子結合モチーフのデータベース。1317エントリ
PAZAR(external link)転写因子の登録サイト103エントリ


遺伝子発現データベース

No.サイト名特徴
1Expression Atlas(external link)
2CGAP/SAGE Genie/SAGE Anatomic Viewer (SAV)(external link)
3GENT (Gene Expression across Normal and Tumor tissue)(external link)
4LSDB/RefExA (Reference database for gene Expression Analysis)(external link)
5PrognoScan (A new database for meta-analysis of the prognostic value of genes.)(external link)
6The Human Protein Atlas(external link)TranscriptとProteinで発現量を比較できる
7cBioPortal for Cancer Genomics(external link)臨床情報を含む発現データベース


変異データベース

1COSMIC: Catalogue of somatic mutations in cancer(external link)癌の体細胞変異情報
2NCBI ClinVar(external link)変異と臨床情報の関連を集積
3openSNP(external link)登録型のsnp集積サイト(23andMe userのデータが豊富)

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