Platform for Drug Discovery


rseq


開発者


    Hui Jiang (Wong Lab, Bio-X program, Stanford University)

特徴


    UCSCのアノテーション情報(refFlat.txt)を元に転写産物の塩基配列を生成し、これに対してリードのマッピングを行って遺伝子発現量を計算する。そのため、既知の転写産物のみが発現遺伝子として定量される。遺伝子発現量の推定にはRPKM法を使用している。

文献


参考


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