Platform for Drug Discovery


ツール情報


カテゴリ別ツール一覧

1. マッピングツール(query=ショートリード~200bp、reference=ゲノム)


2. マッピングツール(query=中鎖200bp~、reference=ゲノム)

  • カテゴリー分類補足
  • ツールの個別説明ページ
    • BWA-SW
    • MLA(未発表)

3. マッピングツール(少数のquery=長鎖200bp~、reference=任意)


4. マッピングツール(query=bisulfite処理後データ、reference=ゲノム)

  1. Fastq用マッパー
  2. Color space用マッパー
    • B-SOLANA
    • SOCS-B
    • BatMeth
  1. 高次解析用

5. RNA-Seq解析ツール


  • 参考比較情報
  • ツールの個別説明ページ
  1. マッピング splicejunction考慮
  2. マッピング結果->タグカウント/RPKM/FPKM/FVKM/計測
  3. 遺伝子構造予測
  4. 群間比較

5.1. smallRNA/miRNA関連


5.2. Fusion-gene関連


6. ChIP-Seq解析ツール

  1. ピークコールプログラム
    • MACS
    • QuEST
    • SISSRs
    • PeakSeq
    • ERANGE for chip-seq
    • FindPeaks
    • spp
    • CisGenome
      • CLC Genomics Workbenchが実装しているアルゴリズムはこちらのピークコーラのアルゴリズムらしい。
    • broadなピークに強めなもの。
    • MACS 2.0系 --broadオプション
    • SICER
    • ZINBA
  2. モチーフ検出・検索プログラム
  3. その他
    • ChIPpeakAnno (BioConductor) ピークに対するアノテーション付加、サンプル間比較等。
    • CAES ピークに対するアノテーション付加。ゲノム全体の分布図などが充実。
    • Sole-Search ピークの可視化、アノテーション付け、モチーフ検出など。現在サイトはリンク切れ。
    • PeakAnalyzer ピークに対するアノテーション付加。
    • Cistematic 進化的に保存された領域の情報を用い、転写因子の結合領域に対する対象遺伝子の予測を行う。
    • DiffBind (BioConductor) 複数サンプル間のピークの差を見る。
    • RSAT Web上のサービスとして配列からモチーフ検出等パイプライン実行可
    • phantompeakqualtools ChIP-Seq実験・ピークコールの評価

7. リシーケンス・エキソーム・SNP解析ツール

  • ツールの個別説明ページ
  1. SNPコーラー
  2. SNPコーラー(pooled sample用)
  3. SNPへのアノテーション付加
  4. association study

CNV・CNA関連

  1. CNV
    • mrCaNaVaR
    • RDXplorer EWTアルゴリズムとしても有名
    • CNV-seq
    • CNVnator
    • control-FREEC
    • CNVer
    • CNAseg
    • CopySeq
    • readDepth
    • cnD
    • cn.MOPS
    • ##exome用##
    • ExomeCNV
    • CONTRA
    • conifer
    • XHMM
    • CEQer

構造変異・Large InDel関連

  1. 染色体構造変異検出
    • BreakDancer SV検出
    • Pindel Large InDel検出
    • PEMer SV検出
    • Breakway
    • Hydra-sv
    • Breakway
    • MoDIL
    • VariationHunter / commonLAW
    • CREST
    • BreakSeq

体細胞変異関連

  1. SNPコーラー(cancer genome用)
    • GATK SomaticIndelDetector InDelのみ
    • VarScan SNV,InDel,CNA
    • MuTect SNVのみ
    • SomaticSniper SNVのみ
    • JointSNVMix
    • Strelka
    • MutationSeq
    • LoFreq
  2. CNA/LOH検出 (for cancer)

8. denovoアセンブラ(トランスクリプト用)


9. denovoアセンブラ(原核等、小型ゲノム用)

ショートリード用


SMRT(Single Molecule, Real-Time) DNA sequencing用(for PacBio reads)


10. denovoアセンブラ(高等真核等、大型ゲノム用)


11. メタゲノム解析


12. QC・前処理関連

  • ツールの個別説明ページ
  1. QC関連
  2. アダプタ除去
  3. Read Error Correction

13. ユーティリティ?分類困難系


14. 統合解析プラットフォーム(オープン系)


15. 統合解析プラットフォーム(商用系)

  • ツールの個別説明ページ

16. ゲノムビューワ


17. アセンブルビューワ

  • ツールの個別説明ページ

18. ネットワークビューワ


19. その他可視化

  • ツールの個別説明ページ
    • MEGA  系統樹描画・系統解析
    • Circos 染色体レベルの情報可視化(含むリアレンジメント)
  • 参考情報

20. アノテーション関連ツール

ゲノムへのアノテーション

20.1. R/Bioconductorパッケージ

organism packages

  • #パッケージ名生物種
    1org.Ag.eg.dbハマダラカ
    2org.At.tair.dbシロイヌナズナ
    3org.Bt.eg.dbウシ
    4org.Ce.eg.dbC. elegans(センチュウ)
    5org.Cf.eg.dbイヌ
    6org.Dm.eg.dbショウジョウバエ
    7org.Dr.eg.dbゼブラフィッシュ
    8org.EcK12.eg.dbE coli strain K12(大腸菌)
    9org.EcSakai.eg.dbE coli strain Sakai(大腸菌)
    10org.Gg.eg.dbニワトリ
    11org.Hs.eg.dbヒト(Entrez GeneID使用)
    12org.Hs.ipi.dbヒト(IPIデータベース用)
    13org.Mm.eg.dbマウス
    14org.Mmu.eg.dbアカゲザル
    15org.Pf.plasmo.dbマラリア
    16org.Pt.eg.dbチンパンジー
    17org.Rn.eg.dbラット
    18org.Sc.sgd.db出芽酵母
    19org.Sco.eg.dbStreptomyces coelicolor(放線菌の一種)
    20org.Ss.eg.dbブタ
    21org.Xl.eg.dbアフリカツメガエル

biomaRt

21. その他未分類ツール群のページリンク


21.1. R/Bioconductorパッケージ

21.2. R/Bioconductorパッケージ用db

22. 関連リンク



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