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ツール情報


カテゴリ別ツール一覧


1. マッピングツール(query=ショートリード~200bp、reference=ゲノム)



2. マッピングツール(query=中鎖200bp~、reference=ゲノム)

    • カテゴリー分類補足
    • ツールの個別説明ページ
      • BWA-SW?
      • MLA?(未発表)

3. マッピングツール(少数のquery=長鎖200bp~、reference=任意)


4. マッピングツール(query=bisulfite処理後データ、reference=ゲノム)

5. RNA-Seq解析ツール

5.1. smallRNA/miRNA関連

5.2. Fusion-gene関連

6. ChIP-Seq解析ツール

7. リシーケンス・エキソーム・SNP解析ツール

CNV・CNA関連

構造変異・Large InDel関連

体細胞変異関連

8. denovoアセンブラ(トランスクリプト用)

9. denovoアセンブラ(原核等、小型ゲノム用)

ショートリード用

SMRT(Single Molecule, Real-Time) DNA sequencing用(for PacBio reads)

10. denovoアセンブラ(高等真核等、大型ゲノム用)

11. メタゲノム解析

12. QC・前処理関連

13. ユーティリティ?分類困難系

14. 統合解析プラットフォーム(オープン系)


15. 統合解析プラットフォーム(商用系)

    • ツールの個別説明ページ

16. ゲノムビューワ


17. アセンブルビューワ

    • ツールの個別説明ページ

18. ネットワークビューワ


19. その他可視化

    • ツールの個別説明ページ
      • MEGA  系統樹描画・系統解析
      • Circos 染色体レベルの情報可視化(含むリアレンジメント)
    • 参考情報

20. アノテーション関連ツール

ゲノムへのアノテーション

20.1. R/Bioconductorパッケージ

organism packages

    • #パッケージ名生物種
      1org.Ag.eg.db?ハマダラカ
      2org.At.tair.db?シロイヌナズナ
      3org.Bt.eg.db?ウシ
      4org.Ce.eg.db?C. elegans(センチュウ)
      5org.Cf.eg.db?イヌ
      6org.Dm.eg.db?ショウジョウバエ
      7org.Dr.eg.db?ゼブラフィッシュ
      8org.EcK12.eg.db?E coli strain K12(大腸菌)
      9org.EcSakai.eg.db?E coli strain Sakai(大腸菌)
      10org.Gg.eg.db?ニワトリ
      11org.Hs.eg.dbヒト(Entrez GeneID使用)
      12org.Hs.ipi.db?ヒト(IPIデータベース用)
      13org.Mm.eg.db?マウス
      14org.Mmu.eg.db?アカゲザル
      15org.Pf.plasmo.db?マラリア
      16org.Pt.eg.db?チンパンジー
      17org.Rn.eg.db?ラット
      18org.Sc.sgd.db出芽酵母
      19org.Sco.eg.db?Streptomyces coelicolor(放線菌の一種)
      20org.Ss.eg.db?ブタ
      21org.Xl.eg.db?アフリカツメガエル

biomaRt

21. その他未分類ツール群のページリンク


21.1. R/Bioconductorパッケージ

21.2. R/Bioconductorパッケージ用db

22. 関連リンク



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