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解析フロー


目的別フロー

ゲノム配列新規決定

  1. denovoゲノムアセンブル ゲノムサイズ小(原核生物、単細胞真核生物)
  2. denovoゲノムアセンブル ゲノムサイズ大(高等真核)

外部の有用情報等

変異解析

  1. SNP解析
  2. small indel解析
  3. CNV解析
  4. ゲノム構造変異解析

外部の有用情報等

発現解析(転写物の量ベース)

    • 発現解析処理フロー?
  1. RNA-Seqを用いた既知遺伝子の発現量計測
  2. RNA-Seqを用いた新規遺伝子の探索
    • ERANGE

外部の有用情報等

発現解析(転写制御領域の発見、解析)

  1. RNA-Seqを用いた新規遺伝子予測
  2. RNA-Seqを用いた新規スプライシングバリアント予測
  3. RNA-Seqを用いた新規noncodingRNA予測
  4. ChIP-Seqを用いたクロマチンまたは転写因子結合部位の探索

外部の有用情報等

メチル化DNA解析

  1. sodium bisulfite処理による解析
  2. Affinity enrichmentを用いた解析
  3. enzyme digestionを用いた解析
    • Methyl–seq処理解析フロー?
    • MCA–seq処理解析フロー?
    • HELP-Seq処理解析フロー?
    • MSCC?

外部の有用情報等

メタゲノム解析

外部の有用情報等

ターゲット生物種ごと

ゲノム決定状況

  1. ゲノム決定済み生物
    1. ゲノム配列に対するマッピング
  2. ゲノム未決定生物、あるいは、既知のものからゲノムに大きな変異があるサンプル
    1. denovoゲノムアセンブル

遺伝子決定状況

  1. 既知のトランスクリプトーム情報がある
    1. 既知のトランスクリプトームの発現解析を行う
    2. 既知のトランスクリプトームに記載されない新規遺伝子を発見する
    3. 既知のトランスクリプトームに記載のないsplicing variantを発見する
  2. トランスクリプトーム情報が無いか、既知のものより変異が大きい
    1. denovo transcriptome assemble

解析フロー一覧(階層なし、順番不定)



Last edited by nobfujii , based on work by hmishima and nomonma .
Page last modified on 日曜日 28 of June, 2015 22:07:43 JST.