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ABySSインストールログ

参照(http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss)


Abyss-1.3.2のインストール

(1) boost ライブラリのインストール:
$ cd /work_path
$ wget  http://downloads.sourceforge.net/project/boost/boost/1.48.0/boost_1_48_0.tar.bz2
$ tar jxf boost_1_48_0.tar.bz2


(2) google-sparsehashライブラリのインストール
$ cd /work_path
$ wget  http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2.0.1.tar.gz
$ tar xzvf sparsehash-2.0.1.tar.gz
$ cd sparsehash-2.0.1
$ ./configure --prefix=/tool_path/sparsehash-2.0.1
$ make
$ make install


(3) openmpiライブラリのインストール
openmpiライブラリは、既に /tool_path/openmpi-1.4.3にインストールしました。

(4) インストール
$ cd /work_path
$ wget  http://www.bcgsc.ca/downloads/abyss/abyss-1.3.2.tar.gz
$ tar xzvf abyss-1.3.2.tar.gz
$ cd abyss-1.3.2
$ ./configure --prefix=/tool_path/abyss-1.3.2
              CPPFLAGS=-I/tool_path/sparsehash-2.0.1/include
              --with-mpi=/tool_path/openmpi-1.4.3
              --with-boost=/work_path/boost_1_48_0/boost
$ make
$ make install


(5)Pathの通じ
共通Pathに、/tool_path/abyss-1.3.2を追加



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