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ALLPATHS-LGインストールログ

参照(http://www.broadinstitute.org/software/allpaths-lg/blog/)


(1) 新しいgccコンパイラのインストール

ALLPATHS-LGは、Version4.3.2以上のコンパイラが必要。

 $ su
 # yum install gcc*
 # gcc44 -v

 これで、gcc 4.4をインストールしました。
 既に存在しているVersion 4.1.2の物(gcc,g++)と別の名前(gcc44, g++44)を使うので、安心です。


(2) Picardのインストール

$ cd /work_path
$ wget  http://downloads.sourceforge.net/project/picard/picard-tools/1.62/picard-tools-1.62.zip
$ unzip picard-tools-1.62.zip
$ mv picard-tools-1.62 /tool_path/.

それで、Picardは、/tool_path/picard-tools-1.62 にインストールしました


(3) インストール

$ cd /work_path
$ wget  ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/ALLPATHS/Release-LG/latest_source_code/allpathslg-40691.tar.gz
$ tar xzvf allpathslg-40691.tar.gz
$ cd allpathslg-40691
$ ./configure --prefix=/tool_path/allpathslg-40691 CC=gcc44 CXX=g++44
$ make all
$ make install


(4) パスの設定
共通Pathに、/tool_path/allpathslg-40691/binを追加

(5)メーカ提供されたサンプルデータで、テストを行う

$ cd /work_path/allpathslg-40691
$ mkdir sample
$ cd sample
$ wget  ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/ALLPATHS/Release-LG/test.genome.tar.gz
$ tar xzvf test.genome.tar.gz
$ cd ALLPATHS-LG.test_genome
$ vi prepare.sh
  以下のように、Picardの場所を設定する
 PICARD_TOOLS_DIR=/tool_path/picard-tools-1.62
$ ./prepare.sh
$ ./assemble.sh


Last edited by hzhang .
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