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GBSA 2.0 Script versionインストールログ

参照
http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa/?p=16(external link)

1.sqlite3の開発Libraryのインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://www.sqlite.org/sqlite-autoconf-3071501.tar.gz
$ tar xzvf sqlite-autoconf-3071501.tar.gz
$ cd sqlite-autoconf-3071501
$ ./configure--prefix=/tool_path/sqlite-autoconf-3071501
$ make 
$ make install
※環境の変数
  PATH=/tool_path/sqlite-autoconf-3071501/bin:${PATH}
  LD_LIBRARY_PATH=/tool_path/sqlite-autoconf-3071501/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

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2..Python 2.7.3のインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://python.org/ftp/python/2.7.3/Python-2.7.3.tgz
$ tar xzvf Python-2.7.3.tgz
$ cd Python-2.7.3
$ ./configure --prefix=/tool_path/Python-2.7.3
$ make
$ make install

※上のように、「/tool_path/Python-2.7.3」にインストールしました。


3.numpy ライブラリーのインストール
$ export PYTHONPATH=
$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:${PATH}
$ cd /work_path/
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/numpy/NumPy/1.6.2/numpy-1.6.2.tar.gz
$ tar xzvf numpy-1.6.2.tar.gz
$ cd numpy-1.6.2
$ python setup.py build --fcompiler=gnu95
$ python setup.py install --prefix=/tool_path/numpy-1.6.2



4.Scipy ライブラリーのインストール
$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:/tool_path/numpy-1.6.2/bin:${PATH}
$ export PYTHONPATH=/tool_path/numpy-1.6.2/lib/python2.7/site-packages
$ cd /work_path/
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/scipy/scipy/0.11.0/scipy-0.11.0.tar.gz
$ tar xzvf scipy-0.11.0.tar.gz
$ cd scipy-0.11.0
$ python setup.py build --fcompiler=gnu95
$ python setup.py install --prefix=/tool_path/scipy-0.11.0



5.crlibm ライブラリーのインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://lipforge.ens-lyon.fr/frs/download.php/162/crlibm-1.0beta4.tar.gz
$ tar xzvf crlibm-1.0beta4.tar.gz
$ cd crlibm-1.0beta4
$ CFLAGS="-fPIC";export CFLAGS
$ ./configure --prefix=/tool_path/crlibm-1.0beta4
$ make
$ make install



6.intervalライブラリーのインストール
$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:/tool_path/numpy-1.6.2/bin:${PATH}
$ export PYTHONPATH=/tool_path/numpy-1.6.2/lib/python2.7/site-packages:/tool_path/scipy-0.11.0/lib/python2.7/site-packages
$ cd /work_path/
$ wget http://pypi.python.org/packages/source/p/pyinterval/pyinterval-1.0b21.tar.gz
$ tar xzvf pyinterval-1.0b21.tar.gz
$ cd pyinterval-1.0b21
$ vi setup.py
  include_dirs = ['/tool_path/crlibm-1.0beta4/include'],
  library_dirs = ['/tool_path/crlibm-1.0beta4/lib'],
$ python setup.py install



7. pylab ライブラリーのインストール
$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:/tool_path/numpy-1.6.2/bin:${PATH}
$ export PYTHONPATH=/tool_path/numpy-1.6.2/lib/python2.7/site-packages:/tool_path/scipy-0.11.0/lib/python2.7/site-packages
$ cd /work_path/
$ wget --no-check-certificate https://github.com/downloads/matplotlib/matplotlib/matplotlib-1.2.0.tar.gz
$ tar xzvf matplotlib-1.2.0.tar.gz
$ cd matplotlib-1.2.0
$ python setup.py build
$ python setup.py install

※pylabライブラリーは、 matplotlibライブラリーの一部である


8 GBSAのインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa/annotation/GBSA_2
$ mv GBSA_2 GBSA_2.zip
$ unzip GBSA_2.zip
$ cp GBSA_2 /tool_path/GBSA-2.0.090912

※上のように 「/tool_path/GBSA-2.0.090912」 にインストールしました。


※実行について
1.先に、以下の環境設定を行う:
$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:/tool_path/numpy-1.6.2/bin:${PATH}
$ export PYTHONPATH=/tool_path/numpy-1.6.2/lib/python2.7/site-packages:/tool_path/scipy-0.11.0/lib/python2.7/site-packages

2.環境設定終わったら、
$ cd /tool_path/GBSA-2.0.090912
$ python GBSA_2.0.py XXXXXXXXXXXXX



input サンプルデータ, genome annotation data をDLして、テスト実行を行う:
$ cd /work_path/GBSA_2
$ wget http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa/annotation/1K_SW403_R038_hg19
$ mkdir hg19
$ cd hg19
$ wget http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa/annotation/hg19.tar
$ tar xvf hg19.tar
$ cd ..

$ export PATH=/tool_path/Python-2.7.3/bin:/tool_path/numpy-1.6.2/bin:${PATH}
$ export PYTHONPATH=/tool_path/numpy-1.6.2/lib/python2.7/site-packages:/tool_path/scipy-0.11.0/lib/python2.7/site-packages

$ python GBSA_2.0.py -i 1K_SW403_R038_hg19 -f BSseeker -q cokus -t ./tmp -a hg19/hg19.refFlat.w_cpg.bsa -b hg19/hg19.bsq -o output/BS_analysis

※結果は output/ 下にある。

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Page last modified on 金曜日 22 of February, 2013 16:02:54 JST.