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GREATインストールログ

参照 http://great.stanford.edu/public/html/splash.php


1. UCSC Kent source tree Library(jkweb.a)の作成

(1) 環境の作成
UCSC Kent source tree library作るために、MySQLが必要。以下のように、確認する。
    # yum list installed | grep mysql
    This system is not registered with RHN.
    RHN support will be disabled.
    mysql.x86_64                               5.1.58-jason.1              installed
    mysql-devel.x86_64                       5.1.58-jason.1              installed
    mysql-server.x86_64                      5.1.58-jason.1              installed
    mysqlclient15.x86_64                    5.0.91-1.jason.1            installed
    php-mysql.x86_64                         5.2.17-jason.2              installed

    なかった場合、下のように、インストール
    $ su
    # yum install  mysql-devel.x86_64


(2) UCSC Kent source treeのlibraryを作る
$ mkdir jksrc
$ cd jksrc
$ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip
$ unzip jksrc.zip

環境変数
$ mysql_config --include
	-I/usr/include/mysql

$ mysql_config --libs
	-rdynamic -L/usr/lib64/mysql -lmysqlclient -lz -lcrypt -lnsl -lm -lssl -lcrypto

$ mkdir -p bin/x86_64

$ vi .bashrc
 下の行を追加
export MACHTYPE=x86_64
export MYSQLINC=/usr/include/mysql
export MYSQLLIBS='-rdynamic -L/usr/lib64/mysql -lmysqlclient -lz -lcrypt -lnsl -lm -lssl -lcrypto'

then log off and log in again.

 UCSC Kent source treeのlibraryを作る
$ cd jksrc/kent/src
$ make libs > make.log
 
確認
①	make.logにエラーが出ない
②	jksrc/kent/src/lib/x86_64/jkweb.aが存在


2. GREATのインストール

(1) 環境の作成
Download、Dirの作成、library(jkweb.a)のコピー

$ cd /work_path/
$ wget http://bejerano.stanford.edu/resources/greatTools.tar.gz
$ gzip -d greatTools.tar.gz
$ mv greatTools greatTools.1.8.2
$ cd greatTools.1.8.2
$ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip
$ unzip jksrc.zip
$ cd kent/src/lib/x86_64

前に作ったjkweb.aを下のDIRにコピー.
/work_path/greatTools.1.8.2/ kent/src/lib/x86_64


環境変数の設定
共通PATHに、 /tool_path/greatTools.1.8.2を追加

環境変数に、以下の物を追加
MACHTYPE=x86_64
export MACHTYPE


(2) インストール
GREATのcompile
$ cd /work_path/greatTools.1.8.2/
$ vi makefile

以下の行を修正:
KENT_DIR = path/to/your/kent/src
to
KENT_DIR = /work_path/greatTools.1.8.2/kent/src

$ make

確認:
/work_path/greatTools.1.8.2/したにcalculateBinomialP と createRegulatoryDomains が存在する

Pipeline実行DIRにコピー
$ mkdir /tool_path/greatTools.1.8.2
$ cp /work_path/greatTools.1.8.2/calculateBinomialP /tool_path/greatTools.1.8.2/.
$ cp /work_path/greatTools.1.8.2/createRegulatoryDomains /tool_path/greatTools.1.8.2/.


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