Loading...
 
印刷
English

GeneZillaインストールログ

参照
http://www.genezilla.org/using.html(external link)

インストール:
1.MPICH2 ライブラリーのインストール http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/(external link)
$ cd /work_path/
$ mkdir genezilla-1.22
$ cd genezilla-1.22
$ wget http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.4.1p1/mpich2-1.4.1p1.tar.gz
$ tar xzvf mpich2-1.4.1p1.tar.gz
$ cd mpich2-1.4.1p1
$ ./configure --prefix=/install_path/mpich2 --with-device=ch3:sock FC=gfortran CC=gcc CXX=g++
$ make 
$ make install

上のように、「/install_path/mpich2」にインストールしました。

2.GSL ライブラリーの確認
GSLライブラリーは既に「/install_path/gsl-1.15/」にインストールしました。

3.本件のCompile
(1) ソースのDownload
$ cd /work_path
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/genezilla/genezilla-1.22.tgz
$ tar xzvf genezilla-1.22.tgz
$ cd genezilla-1.22


(2)BOOMライブラリー「libBOOM.a」の作成
$ cd BOOM
$ vi makeifle
以下のように、CFLAGS行を変更
#CFLAGS         = $(OPTIMIZE) -w -fpermissive -I/usr/lib64/mvapich2/1.4-gcc/include
CFLAGS         = $(OPTIMIZE) -w -fpermissive -I/install_path/mpich2/include
$ make
$ cd ..

上のように「libBOOM.a」を作成

(3)「genezilla」の作成
$ vi makefile
以下のように、変更
CFLAGS          = $(OPTIMIZE) -w -fpermissive -I/install_path/gsl-1.15/include
LDFLAGS         = $(OPTIMIZE) -w -fpermissive -I/install_path/gsl-1.15/include
LIBDIRS         = -L/install_path/gsl-1.15/lib

$ make genezilla

上のように、実行ファイル「genezilla」を作成

(4)the training programs の作成
以下の3つファイルに
train-signal-sensor.C
train-content-sensor.C
mdd.C
以下のように変更する
//    alphabet = DnaAlphabet::global;
    alphabet = DnaAlphabet::global();

$ make train-signal-senso
$ make train-content-sensor
$ make mdd

上のように、実行ファイル「train-signal-sensor、 train-content-sensor、 mdd 」を作成

(5) target dirに移動
$ mkdir /install_path/genezilla-1.22
$ cp genezilla /install_path/genezilla-1.22/.
$ cp train-content-sensor /install_path/genezilla-1.22/.
$ cp train-signal-sensor /install_path/genezilla-1.22/.
$ cp mdd /install_path/genezilla-1.22/.
$ cp -r perl /install_path/genezilla-1.22/perl
$ cp *.pl /install_path/genezilla-1.22/.


上のように、実行ファイル「/install_path/genezilla-1.22/」にインストールしました。

Last edited by hzhang .
Page last modified on 月曜日 01 of October, 2012 16:12:10 JST.