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Interproscanインストールログ

説明 http://www35.atwiki.jp/kojimakk/pages/24.html(external link)



$ cd /work_path
$ mkdir iprscan_v4.8
$ cd iprscan_v4.8
$ wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/iprscan_v4.8.tar.gz
$ wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/iprscan_PTHR_DATA_31.0.tar.gz
$ wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/iprscan_DATA_35.0.tar.gz
$ wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/iprscan_MATCH_DATA_35.0.tar.gz
$ wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/iprscan_bin4.x_Linux64.tar.gz

$ gunzip -c iprscan_v4.8.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_PTHR_DATA_31.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_DATA_35.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_MATCH_DATA_35.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_bin4.x_Linux64.tar.gz | tar -xvf -
$ mv iprscan /tool_path/iprscan-4.8

$ cpan
> install XML::Parser

$ cd /work_path
$ wget  http://downloads.sourceforge.net/project/expat/expat/2.0.1/expat-2.0.1.tar.gz
$ tar xzvf expat-2.0.1.tar.gz
$ cd expat-2.0.1
$ ./configure --prefix=/tool_path/expat-2.0.1
$ make
$ make install

$ cd /tool_path/iprscan-4.8/bin
$ ln -s ./Linux binaries

$ cd /tool_path/iprscan-4.8
$ perl Config.pl

    最初は、
    web interfaceではない
    queue,SGE Gridの設定は、入りなかった。
    必要な場合、再度configurationが必要

テスト実行
$ cd /tool_path/iprscan-4.8/bin
$ ./iprscan -cli -i ../test.seq -iprlookup -goterms


Last edited by hzhang .
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