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MeQAのインストールログ

インストール手順:
1.Prerequisties確認
[cipadmin@cembalo1 config]$ which bwa
/tool_path/bwa-0.6.2/bwa

[cipadmin@cembalo1 config]$ which samstat
/tool_path/samstat-20110323/samstat

[cipadmin@cembalo1 config]$ which samtools
/tool_path/samtools-0.1.18/samtools

[cipadmin@cembalo1 config]$ which bedtools
/tool_path/moirai/bedtools


2.CEASのインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/CEAS-Package-1.0.2.tar.gz
$ tar xzvf CEAS-Package-1.0.2.tar.gz
$ cd CEAS-Package-1.0.2
$ python setup.py install --prefix=/tool_path/CEAS-Package-1.0.2

# pathの設定:
CEAS_PATH=/tool_path/CEAS-Package-1.0.2/lib/python2.6/site-packages
PYTHONPATH=${CEAS_PATH}:${PYTHONPATH}


3.MeDIPSのインストール
$ R
> source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("MEDIPS")


4. MeQAのインストール
$ cd /work_path/
$ mkdir MeQA-Package-1.0.0 
$ cd MeQA-Package-1.0.0 
$ wget http://life.tongji.edu.cn/meqa/MeQA-Package-1.0.0.zip
$ wget http://life.tongji.edu.cn/meqa/example.tar.gz
$ wget http://life.tongji.edu.cn/meqa/example-config.zip
$ unzip example-config.zip 
$ unzip MeQA-Package-1.0.0.zip 
$ tar xzvf example.tar.gz 
$ mkdir /tool_path/MeQA-Package-1.0.0
$ cp MeQA/* /tool_path/MeQA-Package-1.0.0/.


※ 上のように、「/tool_path/MeQA-Package-1.0.0/」 にインストールしました。

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