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MetaPhylerインストールログ

参照
http://metaphyler.cbcb.umd.edu/(external link)
1. NCBI BLASTのインストール
$ cd /work_path/
$ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
$ tar xzvf blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
$ cp -r blast-2.2.26 /install_path/

※ 「/install_path/blast-2.2.26/bin」の下に、インストールしました。

2.MetaPhyler V1.25 のインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://metaphyler.cbcb.umd.edu/MetaPhylerV1.25.tar.gz
$ tar xzvf MetaPhylerV1.25.tar.gz
$ cd MetaPhylerV1.25
$ export PATH=/install_path/blast-2.2.26/bin:$PATH  
$ perl installMetaphyler.pl
$ cd ..
$ cp -r MetaPhylerV1.25 /install_path/

※「/install_path/MetaPhylerV1.25」下にインストールしました。
※実行する前、以下のように、BLASTのディレクトリの設定を行う
$ export PATH=/install_path/blast-2.2.26/bin:$PATH

3.MetaPhyler for Short Illumina reads のインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://metaphyler.cbcb.umd.edu/MetaPhylerSRV0.115.tar.gz
$ tar xzvf MetaPhylerSRV0.115.tar.gz
$ cd MetaPhylerSRV0.115
$ perl INSTALL.pl
$ cd ..
$ cp -r MetaPhylerSRV0.115 /install_path/

※「/install_path/MetaPhylerSRV0.115」 下に、インストールしました。


Last edited by hzhang .
Page last modified on 月曜日 24 of September, 2012 17:25:10 JST.