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MiRDeep2インストールログ

参照  http://www.mdc-berlin.de/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/index.html(external link)

インストール手順:
1. Perl package PDF::API2 のインストール
$ perl -MCPAN -e shell
capn[1]> install PDF::API2
cpan[2]> exit


2. Vienna package with RNAfold
既に /tool_path/ViennaRNA-1.8.5/ にインストールしました。

3. Squid のインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://selab.janelia.org/software/squid/squid.tar.gz
$ tar xzvf squid.tar.gz
$ cd squid-1.9g/
$ ./configure prefix=/tool_path/squid
$ make
$ make install


4. Randfold 2.0のインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://bioinformatics.psb.ugent.be/supplementary_data/erbon/nov2003/downloads/randfold-2.0.tar.gz
$ tar xzvf randfold-2.0.tar.gz 
$ cd randfold-2.0
$ vi Makefile
以下のように
INCLUDE=-I. -I/tool_path/squid/include -L/tool_path/squid/lib

$ make
$ mkdir /tool_path/randfold-2.0
$ cp randfold /tool_path/randfold-2.0/.
※環境変数PATHに 「/tool_path/randfold-2.0」を追加


5. miRDeep2のインストール
$  cd /work_path/
$ wget http://www.mdc-berlin.de/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_5.zip
$ unzip mirdeep2_0_0_5.zip 
$ cp mirdeep2 /tool_path/.
$ cd /tool_path/mirdeep2
$ perl install.pl

上のように、「/tool_path/mirdeep2」にインストールしました。

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Page last modified on 金曜日 22 of February, 2013 15:43:26 JST.