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SGAのツールインストールログ

参照ページ https://github.com/jts/sga (external link)


(1) google sparse hash libraryの確認

既に、/tool_path/sparsehash-2.0.1にインストールした


(2) cmakeのインストール
$ su
# yum install cmake


(3) bamtools libraryのインストール
$ cd /work_path
$ wget  http://cloud.github.com/downloads/pezmaster31/bamtools/bamtools-1.0.2.tar.gz
$ tar xzvf bamtools-1.0.2.tar.gz
$ cd bamtools-1.0.2
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make
$ cd /tool_path
$ cp -r /work_path/bamtools-1.0.2 .


(4) zlibの確認
$ su
# yum list 'zlib*'


(5) the hoard memory allocatorインストール
$ cd /work_path
$ wget  http://www.cs.umass.edu/~emery/hoard/hoard-3.8/source/hoard-38.tar.gz
$ tar xzvf hoard-38.tar.gz
$ cd hoard-38/src
$ make linux-gcc-x86-64
$ cd /tool_path
$ cp -r /work_path/hoard-38 .


(6) pysam python moduleの確認
$ python
>>> import pysam


(7) ruffusのインストール
$ cd /tool_path
$ wget  http://ruffus.googlecode.com/files/ruffus-2.2.tar.gz
$ tar xzvf ruffus-2.2.tar.gz
$ cd ruffus-2.2
$ python setup.py install


(8) graphvizの確認
$ su
# yum list 'graphviz*'


(9)SGAのインストール

ソースファイルは、https://github.com/jts/sga からDLし, /work_path下に展開
$cd /work_path
$cd jts-sga-0.9.19/src
$ ./autogen.sh
$ ./configure --prefix=/tool_path/jts-sga-0.9.19
                  --with-sparsehash=/tool_path/sparsehash-2.0.1
                  --with-bamtools=/tool_path/bamtools-1.0.2
                  --with-hoard=/tool_path/hoard-38/src
$ make
$ make install


SGA実行ファイルは /tool_path/jts-sga-0.9.19/bin下に置いた


Last edited by hzhang .
Page last modified on 火曜日 10 of April, 2012 11:06:28 JST.