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SOAPdenovoインストールログ

参照 http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/ErrorCorrection/(external link)


インストール手順:
$ cd /work_path
$ wget  http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPdenovo-V1.05.src.tgz
$ tar xzvf SOAPdenovo-V1.05.src.tgz
$ cd SOAPdenovo-V1.05
$ make
$ mkdir -p /tool_path/SOAPdenovo_1.05
$ cp -r bin /tool_path/SOAPdenovo_1.05/.


$ mkdir /tool_path/GapCloser_1.12
$ cd /tool_path/GapCloser_1.12
$ wget  http://soap.genomics.org.cn/down/GapCloser_release_2011.tar.gz
$ tar xzvf GapCloser_release_2011.tar.gz
$ chmod 777 GapCloser

Pathの設定:
共通Pathに、/tool_path/GapCloser_1.12を追加
共通Pathに、/tool_path/SOAPdenovo_1.05/binを追加



SOAPdenovo 2 のインストール(binary soft をDLして、サーバに置く)
$ cd /work_path/
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/soapdenovo2/bin/SOAPdenovo2_revision210.tgz
$ tar -zxf  ${/tool_path/SOAPdenovo2_revision210}


環境の変数に、古い 1.04,1.05バッジョのPathをcomment outして、 /tool_path/SOAPdenovo2_revision210 を追加

Last edited by nomonma , based on work by hzhang .
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